Thời gian hoạt động của chốt từ ngày 1/3 đến khi có chỉ đạo mới của Chủ tịch UBND tỉnh. Thực hiện trực 24/24 giờ trong ngày, kể cả thứ 7, chủ nhật và ngày lễ.
Mỗi chốt kiểm dịch có 5 người, gồm cán bộ Công an tỉnh, Cục quản lý thị trường, Chi cục chăn nuôi và thú y - Sở NN&PTNT, Cán bộ thú y thuộc Trung tâm dịch vụ nông nghiệp huyện Phù Yên.
Chốt kiểm dịch liên ngành có nhiệm vụ kiểm tra, kiểm soát việc vận chuyển động vật, sản phẩm động vật vào địa bàn tỉnh Sơn La. Xử lý các trường hợp vận chuyển động vật, sản phẩm động vật không rõ nguồn gốc, không có giấy chứng nhận kiểm dịch của cơ quan thú y có thẩm quyền vào địa bàn tỉnh.
Đồng thời, tổ chức khử trùng tiêu độc phương tiện vận chuyển động vật và sản phẩm động vật đi qua chốt kiểm dịch theo quy định. Hướng dẫn, giám sát việc xử lý tiêu hủy khi phát hiện lợn mắc bệnh và các sản phẩm từ lợn mắc bệnh dịch tả lợn Châu Phi và các dịch bệnh truyền nhiễm nguy hiểm khác theo quy định.
UBND tỉnh giao Sở NN&PTNT chủ trì, phối hợp các đơn vị liên quan cử cán bộ tham gia chốt kiểm dịch. Xây dựng quy chế hoạt động và phân công nhiệm vụ cụ thể cho từng thành viên tham gia hoạt động tại chốt; triển khai hoạt động liên ngành của chốt; kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện nhiệm vụ của các lực lượng tham gia chốt kiểm dịch và báo cáo kết quả hoạt động với Chủ tịch UBND tỉnh.