Theo Tổng Kiểm toán Nhà nước (KTNN) Hồ Đức Phớc, kết quả kiểm toán công tác quản lý, sử dụng đất trong năm 2018 cho thấy, hệ thống chính sách, pháp luật về quản lý, sử dụng đất còn chưa đồng bộ, chậm được sửa đổi, nhiều nội dung còn bất cập dẫn đến vận dụng tạo ra sai phạm và cũng là kẽ hở để thất thoát trong quản lý, sử dụng đất, nhất là đất khu đô thị.
Bên cạnh đó, công tác quản lý và sử dụng đất có hạn chế, tiềm ẩn lớn lãng phí, thất thoát, tham nhũng. Chẳng hạn như điều chỉnh quy hoạch sai thẩm quyền; sử dụng đất chưa đúng mục đích được giao, thuê đất; hầu hết các khu đất doanh nghiệp đang sử dụng thuê đất khi chuyển mục đích sử dụng sang đất ở đô thị đều không thông qua đấu giá và giá trị quyền sử dụng đất định giá không sát giá thị trường gây thất thoát. Qua kiểm toán, KTNN kiến nghị xử lý tài chính 334 tỷ đồng (Năm 2017 trở về trước, KTNN đã kiến nghị xử lý tài chính 10.584 tỷ đồng).
Kết quả kiểm toán 8 dự án BOT trong năm 2018 cho thấy, hầu hết, các dự án thực hiện chỉ định nhà đầu tư, chỉ định nhà thầu thi công; xác định sai, phê duyệt dự án có sử dụng vốn hỗ trợ từ nguồn trái phiếu Chính phủ (TPCP) không đúng nội dung được sử dụng theo Nghị quyết số 65/2013/QH13 ngày 15/11/2013 của Quốc hội; chưa quy định khung giá vé đối với dự án đầu tư của công trình giao thông; nghiệm thu, thanh toán sai...
KTNN đã kiến nghị giảm thời gian thu phí hoàn vốn của 7/8 dự án là 16,2 năm so với phương án tài chính ban đầu (năm 2017 trở về trước, KTNN đã kiến nghị giảm 227,4 năm của 67 dự án).
Kết quả kiểm toán, 7 dự án BT (xây dựng - chuyển giao) cho thấy, việc giao đất chỉ định cho nhà đầu tư là trái với quy định của Luật Đất đai; tạm tính tiền sử dụng đất để xác định giá trị đối ứng khi giao đất cho dự án BT tại thời điểm thực hiện dự án BT, đồng thời, xác định giá đất theo phương pháp thặng dư cho phép tính chi phí dự phòng trong chi phí phát triển còn bất hợp lý, không sát hoặc phụ thuộc yếu tố chủ quan dẫn đến giá đất thấp, không sát giá thị trường làm thất thoát lớn tài sản, ngân sách Nhà nước.
Đồng thời việc, xác định giá đất theo phương pháp thặng dư tại Thông tư số 145 ngày 6/12/2007 của Bộ Tài chính và số 36 ngày 30/6/2014 của Bộ TN&MT cho phép tính chi phí dự phòng trong chi phí phát triển còn bất hợp lý, không sát hoặc phụ thuộc yếu tố chủ quan dẫn đến giá đất thấp, không sát giá thị trường làm thất thoát lớn tài sản, ngân sách Nhà nước. Đây được xem là lỗ hổng lớn nhất làm thất thoát tài sản, ngân sách Nhà nước.
Ví dụ, KTNN chỉ rõ sai phạm của dự án Khu Đô thị mới Xuân Phương trong việc xác định giá đất. Mặc dù, Hợp đồng BT ký thống nhất tiền sử dụng đất đối ứng với giá trị dự án BT theo nguyên tắc ngang giá, cùng thời điểm ký kết Hợp đồng BT và giá không đổi, nên không có yếu tố dự phòng. Nhưng do áp dụng phương pháp thặng dư quy định tại Thông tư số 145/2007 và Thông tư số 36/2014 nên vẫn xác định phí phát triển bao gồm cả dự phòng 323,2 tỷ đồng làm giảm tiền sử dụng đất phải nộp tương ứng 323,2 tỷ đồng.
Qua kiểm toán, cơ quan chức năng đã kiến nghị xử lý tài chính 2.938 tỷ đồng, trong đó, có dự án tỷ lệ xử lý tài chính lên đến 29% giá trị được kiểm toán (dự án đầu tư xây dựng tuyến đường Lê Đức Thọ đến khu đô thị mới Xuân Phương với tổng kiến nghị xử lý tài chính 391,6 tỷ đồng).