UBND cấp xã từ khi nhận được kiến nghị phải chủ trì, phối hợp với tổ chức, cá nhân được giao quản lý, khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi kiểm tra, lập biên bản VPHC; thực hiện biện pháp ngăn chặn các hoạt động vi phạm trong thời hạn 24h. Những trường hợp vượt thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính, sau 24h phát hiện vi phạm, Chủ tịch UBND cấp xã báo cáo với Chủ tịch UBND cấp huyện để kiến nghị ra quyết định xử phạt. TP Hải Phòng sẽ tổ chức cưỡng chế các hành vi vi phạm về thủy lợi và đê điều
Sau khi nhận được hồ sơ kiến nghị xử lý của UBND cấp xã, Chủ tịch UBND cấp huyện chỉ đạo tổ chức kiểm tra ban hành quyết định xử phạt theo thẩm quyền. Nếu mức phạt vượt quá thẩm quyền phải chuyển hồ sơ và kiến nghị Chủ tịch UBND thành phố xem xét, xử phạt. Nếu hành vi vi phạm có dấu hiệu tội phạm phải chuyển hồ sơ, giao Công an cấp huyện điều tra, xử lý. Ngoài UBND các cấp có thẩm quyền, các Chi cục Thủy lợi và Phòng chống thiên tai, Sở NN&PTNT cũng có thẩm quyền xử phạt.
Khi nhận được hồ sơ và báo cáo đề xuất của các cấp, các ngành về việc xử lý vi phạm hành chính về thủy lợi, đê diều theo thẩm quyền, tùy theo tính chất vụ việc, UBND thành phố ban hành quyết định xử phạt hoặc giao thủ trưởng cơ quan chức năng có thẩm quyền điều tra, xác minh vụ việc và xử phạt vi phạm hành chính. Công an thành phố điều tra, xác minh xử lý các trường hợp có dấu hiệu tội phạm theo quy định của pháp luật. Sở Nội vụ phối hợp với các cấp, các ngành tham mưu, đề xuất báo cáo UBND thành phố xem xét, xử lý trách nhiệm người đứng đầu cơ quan, đơn vị có hành vi vi phạm liên quan đến trách nhiệm quản lý, thực hiện nhiệm vụ công theo phân cấp về quản lý cán bộ, công chức, viên chức của thành phố khi có kết luận chính thức về hành vi vi phạm của cơ quan có thẩm quyền để xảy ra vi phạm hành chính công trình thủy lợi, đê điều giao quản lý.