VQG Phong Nha – Kẻ Bàng là nơi lưu giữ giá trị ngoại hạng toàn cầu về địa chất, địa mạo, sinh thái và đa dạng sinh học. Phong Nha - Kẻ Bàng được UNESCO 2 lần công nhận là Di sản thế giới vào năm 2003 và 2015.
Từ khi được công nhận Di sản thiên nhiên thế giới đến nay, công tác quản lý bảo vệ rừng ngày càng được quan tâm, các hành vi xâm hại rừng được hạn chế, tài nguyên rừng dần được cải thiện. Bên cạnh đó công tác bảo tồn các loài động thực vật tại Phong Nha – Kẻ Bàng, gìn giữ địa chất, địa mạo được đặt lên hàng đầu.
Trong 15 năm qua, Ban quản lý VQG Phong Nha – Kẻ Bàng đã cứu hộ trên 1.197 cá thể động vật hoang dã, chuyển và thả về môi trường tự nhiên 802 cá thể.
Bên cạnh đó, Ban quản lý VQG Phong Nha - Kẻ Bàng cũng đã hoàn chỉnh và công bố danh lục động vật hiện có là 1.394 loài, trong đó có 83 loài được ghi trong Sách đỏ Việt Nam, 110 loài được ghi trong Sách đỏ IUCN. 2.951 loài thực vật, trong đó có 112 loài được ghi trong Sách đỏ Việt Nam, 121 loài được ghi trong Sách đỏ IUCN.
Ngoài ra, VQG Phong Nha – Kẻ Bàng còn phát hiện quần thể Bách xanh đá (Calocedrus rupestris) được xem là sinh cảnh rừng độc đáo nhất bởi tầm quan trọng toàn cầu và giá trị bảo tồn. Đây là một loài thực vật cổ và đặc hữu của Việt Nam. Cùng đó, phát hiện loài Chuột Trường Sơn (Laonastes aenigmamus), một đại diện sống duy nhất của họ thú cổ Diatomyidae được xem là đã tuyệt chủng cách đây 11 triệu năm.
Trong gần 20 năm qua, 42 loài mới cho khoa học cũng đã lần lượt được ghi nhận và công bố trên toàn thế giới, trong đó có 38 loài động vật và 4 loài thực vật.
Nhờ chủ động trong việc xây dựng kế hoạch, phương pháp thực hiện trong thực thi nhiệm vụ bảo vệ rừng di sản, từ năm 2003 đến nay, Ban quản lý VQG Phong Nha – Kẻ Bàng đã phá hủy hàng trăm lán trại, tháo dỡ hàng chục ngàn bẫy thú; lập hồ sơ và ra quyết định xử lý 2.358 vụ vi phạm; vận động giao nộp 81 khẩu súng quân dụng và súng tự chế.