Khi còn đương nhiệm chức vụ Chủ tịch UBND xã Vĩnh Long nhiệm kỳ 2011-2016, ông Phạm Ngọc Thuyết đã để xảy ra hàng loạt sai phạm liên quan đến lĩnh vực đất đai, tài chính, xây dựng cơ bản. Những sai phạm này, đã được Báo TN&MT phản ánh bằng một loạt bài. Báo TN&MT số ra ngày 24/04/2017 có bài: Vĩnh Lộc (Thanh Hóa): Nhiều sai phạm trong công tác quản lý đất đai, phản ánh: Nhiều sai phạm trong công tác quản lý tại xã Vĩnh Long mới đây đã bị người dân phanh phui. Như bán đất trái thẩm quyền, tài chính, chế độ chính sách của người dân.
Tiếp đó ngày 06/05/2017 Báo TN&MT tiếp tục có bài Vĩnh Lộc (Thanh Hóa): Tiền chế độ chính sách vùng 135 bị sử dụng sai mục đích. Phản ánh nội dung: Hàng trăm triệu đồng tiền dự án hỗ trợ phát triển sản xuất cho các hộ nghèo và cận nghèo ở các thôn đặc biệt khó khăn thuộc Chương trình 135, của huyện Vĩnh Lộc theo quyết định 102/2009/QĐ-TTg thay vì mua phân bón cho hộ dân. Nhiều xã lại chia đều cho các hộ dân hoặc dùng để mua bàn ghế.
Ngày 12/5/2017, Chủ tịch UBND huyện Vĩnh Lộc đã ban hành quyết định số 588/QĐ-UBND thành lập đoàn thanh tra, thanh tra toàn diện tại xã Vĩnh Long liên quan đến những sai phạm nói trên. Ngày 25/8/2017, UBND huyện Vĩnh Lộc ban hành Kết luận số 945/KL-UBND chỉ ra hàng loạt những sai phạm nghiêm trọng tại xã này. Trong đó ông Phạm Ngọc Thuyết là người đứng đầu và có liên quan trực tiếp đến những sai phạm trên.
Gần 8 tháng sau kể từ khi có kết luận Thanh tra, ngày 11/4/2018 BCH huyện Vĩnh Lộc mới có quyết định kỷ luật số 1244/QĐ-HU. Cũng tại Quyết định này UBKT huyện ủy cũng đã chỉ ra những sai phạm nghiêm trọng đối với cá nhân ông Phạm Ngọc Thuyết như sau: Năm 2013 ký hồ sơ giao đất ở cho ông Trần Quốc Uy sau chuyển nhượng sang cho ông Nguyễn Thế Tình mà không thông qua đấu giá. Việc làm trên đã vi phạm điều 61 Nghị định 181/2004/NĐ-CP của Chính Phủ. Việc làm của đồng chí vi phạm Điều 1 Quy định số 47 QĐ/TW ngày 01/11/2011 của BCH TW Đảng về những điều đảng viên không được làm.
Năm 2015 lập hồ sơ khống thời gian bán nhà trẻ kèm theo đất cho gia đình ông Lưu Văn Long tại thôn Cẩm Bào đề nghị huyện cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất mà không qua đấu giá vi phạm Điều 118 luật đất đai năm 2013 không nộp tiền vào kho bạc nhà nước mà chỉ đạo chi ngang 106.526.400 đồng cho Công ty Vĩnh Định ứng và chi trả công giám sát, vi phạm Điều 82 Nghị định 60/2003/NĐ-CP, vi phạm Điều 9 Quy định số 4 “làm trái các quy định trong việc quản lý nhà đất, tài sản, vốn tài chính của Đảng, nhà nước…”
Trong hai năm (2014-2015) trực tiếp ký dự án và các hồ sơ thanh toán tiền hổ trợ sản xuất cho các hộ khó khăn ở 4 thôn chương trình 135 với tổng số tiền 400 triệu đồng, nhưng đã chấp thuận, rồi chi tiền mặt cho các thôn sử dụng sai mục đích và để lại ở thủ quỹ xã 25 triệu đồng vi phạm thông tư 05/2013/TTLT- NNPTNT – KHĐT-TC-XD, ngày 18/11/2013 của Ủy ban Dân tộc – Bộ NN&PTNT – Bộ Kế hoạch và Đầu tư – Bộ Tài chính – Bộ Xây dựng hướng dẫn thực hiện chương trình 135 về hỗ trợ đầu tư cơ sở hạ tầng, phát triển sản xuất cho xã đặc biệt khó khăn, xã biên giới, xã an toàn khu, các thôn bản đặc biệt khó khăn.
Năm 2015 ký phê duyệt dự toán thiết kế vượt mức đầu tư được phê duyệt, khi UBND huyện chưa phê duyệt điều chỉnh báo cáo kinh tế kỹ thuật, không yêu cầu nhà thầu làm đúng chủng loại gỗ như đã thiết kế ban đầu vẫn nghiệm thu là vi phạm Nghị định 12/2009/NĐ-CP của Chính phủ. Việc làm của ông Phạm Ngọc Thuyết vi phạm Điều 1 Nghị định 47.
Năm 2016 khi nhận tiền từ ban vận động ủng hộ xây dựng NTM của huyện không chỉ đạo công khai trước cán bộ, đảng viên và nhân dân, không nộp tiền vào ngân sách xã mà cho nhà thầu ứng trực tiếp từ đồng chí Bí thư thôn Xuân Áng và không chỉ đạo thôn Xuân Áng nộp tiền đóng góp của dân vào ngân sách xã mà để cho thôn tự ý cho nhà thầu ứng, vi phạm Điều 82, Nghị định 60/2003/NĐ-CP việc làm của đồng chí vi phạm Điều 9 Nghị định 47.
Trên cương vị Phó Bí thư Đảng ủy – Chủ tịch UBND xã, đồng chí đã vi phạm nguyên tắc tập chung dân chủ, Quy chế làm việc của ban chấp hành Đảng bộ xã Vĩnh Long nhiệm kỳ 2010-2015 và nhiệm kỳ 2015-2020 không báo cáo thường vụ Đảng ủy xã Vĩnh Long mà trực tiếp ký, chỉ đạo những nội dung sai trái nêu trên. Việc làm của đồng chí Phạm Ngọc Thuyết vi phạm Điều 1 Nghị định số 47.
Vi phạm của đồng chí Phạm Ngọc Thuyết là nghiêm trọng, gây bức xúc trong dư luận và ảnh hưởng đến uy tín của tổ chức Đảng và cá nhân đồng chí. Nguyên nhân và khuyết điểm nêu trên là do đồng chí Phạm Ngọc Thuyết đã không chấp hành đầy đủ nguyên tắc làm việc, quy trình thủ tục trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được giao, chưa nắm vững về quản lý tài chính, xây dựng cơ bản, thiếu dân chủ công khai trong quản lý các nguồn vốn xây dựng cơ bản, buông lỏng công tác chỉ đạo và phân công trách nhiệm cho tập thể, cán bộ công chức.
Sau khi có Quyết định thi hành kỷ luật nhiều cử tri tại xã Vĩnh Long tỏ ra bất ngờ và vô cùng bức xúc vì cho rằng những sai phạm của vị này là nghiêm trọng, có hệ thống và diễn ra liên tục trong cả một thời gian dài. Hình thức cảnh cáo đối với ông Phạm Ngọc Thuyết cho thấy đã có sự bao che dung túng trong công tác xử lý sai phạm của chính quyền huyện Vĩnh Lộc. Hiện, ông Phạm Ngọc Thuyết vẫn giữ chức chức vụ Bí thư Đảng ủy- Chủ tịch HĐND xã Vĩnh Long.
