Theo Trung tâm Khí tượng Thủy văn Quốc gia, trạng thái El Nino yếu duy trì từ nay đến khoảng tháng 11 năm 2019 với xác suất khoảng 50-55%, nhiệt độ trung bình ở mức xấp xỉ hoặc cao hơn từ 0,5 đến 1,0 độ C so với trung bình nhiều năm cùng thời kỳ. Khu vực Nam Bộ, tổng lượng mưa tháng 9 thấp hơn TBNN cùng thời kỳ từ 10-30%. Về chế độ thủy văn, từ cuối tháng 7-10/2019, tổng lượng dòng chảy trên các trạm thượng nguồn Mê Kông ở mức thấp hơn so với TBNN từ 20-30%.
Phân tích dự báo dòng chảy mùa lũ 2019 và diễn biến mưa trên lưu vực, Viện Khoa học Thủy lợi miền Nam dự báo, năm 2019 lũ nhỏ, mực nước lũ lớn nhất tại Tân Châu đã đạt đỉnh 3,62m ngày 18/9. Lũ có xu thế giảm và duy trì mực nước cao trên 3m tại Tân Châu đến hết tháng 9. Mực nước lớn nhất tại Châu Đốc là 3,07m. Vùng trung tâm đồng bằng, đỉnh lũ lớn nhất xuất hiện 29/9 đến 1/10.
Viện Khoa học Thủy lợi miền Nam nhận định, nguồn nước mùa khô 2019-2020 sẽ ít thuận lợi, nguy cơ mặn xuất hiện sớm và hạn hán thiếu nước có thể xảy ra. Mặn mùa khô 2019-2020 có khả năng xuất hiện sớm so với năm 2018-2019 khoảng 10-30 ngày, và sớm hơn so với trung bình nhiều năm khoảng 1-2 tháng (tùy vùng).
Từ tháng 12/2019, mặn có khả năng ảnh hưởng các cống lấy nước phạm vi cách biển đến 30-35km. Sang tháng 1 và tháng 2/2020, ranh mặn 4g/l có khả năng lấn sâu vào nội địa 45-55km (tùy cửa sông).
Đặc biệt, các ngày trường cường, gió chướng mạnh xâm nhập mặn có thể tăng đột biến so với dự báo nhưng ở thời đoạn ngắn. Với dự báo nguồn nước thấp và xâm nhập mặn đến sớm mùa khô 2020, một số vùng có nguy cơ ảnh hưởng bởi xâm nhập mặn như các huyện: Gò Công Đông, Gò Công Tây, Tân Phú Đông (Tiền Giang); Ba Tri, Giồng Trôm, Thạnh Phú (Bến Tre); Trà Cú, Châu Thành, Cầu Ngang (Trà Vinh); Long Phú, Trần Đề (Sóc Trăng); Vĩnh Lợi, Phước Long (Bạc Liêu).
Với dự báo lũ nhỏ ở 2019 và nhận định nguồn nước mùa khô 2019-2020 sẽ ít thuận lợi, nguy cơ mặn xuất hiện sớm và hạn hán thiếu nước có thể xảy ra, vì vậy Viện Khoa học Thủy lợi miền Nam kiến nghị Tổng cục Thủy lợi xem xét ban hành văn bản chỉ đạo ngành Nông nghiệp và PTNT các tỉnh, nhất là tỉnh ven biển: xây dựng kế hoạch, chuẩn bị phương án ứng phó phòng chống hạn mặn; tuyên truyền về tình hình nguồn nước, xâm nhập mặn tới người dân; vận động nhân dân phối hợp với các đơn vị quản lý, khai thác công trình tranh thủ lấy, trữ nước.
Đồng thời, khuyến cáo các vùng cách biển đến 30km, nếu xuống giống từ giữa tháng 12/2019 mà không có giải pháp công trình chủ động tiếp nguồn thì nguy cơ xảy ra hạn cao, cần thận trọng xuống giống vụ Đông Xuân. Tiếp tục tăng cường công tác giám sát, dự báo để cập nhật kịp thời về diễn biến thủy văn, nguồn nước, xâm nhập mặn ở các Viện.
Đối với các địa phương cần có kế hoạch chủ động sản xuất trong mùa mưa lũ và mùa kiệt sắp tới, cụ thể: Về quản lý nước và chỉ đạo sản xuất vụ Hè Thu và Thu Đông: vận hành hệ thống công trình hợp lý với điều kiện lũ nhỏ, chủ động ứng phó với trường hợp lũ thấp nên sâu bệnh và chuột hại có thể xảy ra do đồng ruộng không được cải thiện môi trường.