3 giấy phép thuộc diện thu hồi, gồm: Giấy phép khai thác, chế biến khoáng sản đồng vùng Vạn Sài - Suối Chát phần thuộc huyện Phù Yên số 1568/QĐ-UBND ngày 2/7/2007; phần thuộc huyện Mộc Châu số 1569/QĐ-UBND ngày 2/7/2007; phần thuộc huyện Bắc Yên số 1570/QĐ-UBND ngày 2/7/2007. Theo đó, UBND tỉnh đã thu hồi mỏ đồng khu vực Vạn Sài - Suối Chát gồm 11 điểm, trong đó 8 điểm trên địa bàn huyện Phù Yên, 2 điểm tại huyện Mộc Châu và 1 điểm tại huyện Bắc Yên.
Lý do thu hồi là chủ các Giấy phép khai thác, chế biến khoáng sản đã vi phạm tiết c khoản 1 Điều 58 Luật Khoáng sản 2010. UBND tỉnh Sơn La yêu cầu Công ty cổ phần đầu tư khoáng sản Tây Bắc tổ chức đóng cửa mỏ, cải tạo phục hồi môi trường đưa mỏ về trạng thái an toàn.
Trước đó, tỉnh Sơn La đã thành lập Đoàn thanh tra tình hình hoạt động khai thác, chế biến khoáng sản của Công ty cổ phần đầu tư khoáng sản Tây Bắc. Qua thanh tra, xác định: Dự án khai thác, chế biến, luyện kim quặng đồng tại mỏ đồng vùng Vạn Sài - Suối Chát của tỉnh Sơn La được UBND tỉnh cho phép Công ty Cổ phần đầu tư khoáng sản Tây Bắc đầu tư và cấp 3 Giấy phép khai thác khoáng sản mỏ đồng trên địa bàn huyện Phù Yên, Bắc Yên và Mộc Châu, xây dựng Nhà máy luyện đồng kim loại Tây Bắc tại xã Gia Phù và xã Tường Thượng, huyện Phù Yên. Đã được phê duyệt Báo cáo đánh giá tác động môi trường, cấp 3 giấy phép sử dụng vật liệu nổ công nghiệp tại 3 mỏ đồng…
Tuy nhiên, đơn vị đã không bảo đảm tiến độ xây dựng Dự án Nhà máy luyện đồng kim loại Tây Bắc; không bảo đảm tiến độ xây dựng cơ bản mỏ và hoạt động khai thác xác định trong dự án đầu tư khai thác khoáng sản, thiết kế mỏ. Không thực hiện nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản 3 năm (2015, 2016, 2017) với số tiền trên 45 tỷ đồng. Không thực hiện các cam kết theo báo cáo đánh giá tác động môi trường và đề án cải tạo phục hồi môi trường đã được UBND tỉnh phê duyệt. Không lập hồ sơ thuê đất tại các khu vực khai thác và lập hồ sơ thuê đất bổ sung với diện tích 10ha khu đất Nhà máy luyện đồng kim loại Tây Bắc tại bản Mới, xã Gia Phù, huyện Phù Yên…