Các Đoàn thanh tra của cấp huyện, cấp xã kiểm tra các cơ sở vừa và nhỏ không thuộc diện công bố, tự công bố chất lượng sản phẩm, các cơ sở thuộc đối tượng thanh tra, kiểm tra của các Đoàn thành phố được các Đoàn thành phố ủy quyền kiểm tra. Các Đoàn thành tra sẽ thanh tra, kiểm tra việc bảo đảm chất lượng sản phẩm; việc chấp hành các quy định về điều kiện sản xuất, chế biến, kinh doanh thực phẩm; quảng cáo, kiểm nghiệm định kỳ sản phẩm, ghi nhãn, việc sử dụng phụ gia thực phẩm (phẩm màu, hương liệu, chất bảo quản…), chất hỗ trợ chế biến; truy xuất nguồn gốc sản phẩm, nguyên liệu dùng trong chế biến. Lấy mẫu kiểm nghiệm để đánh giá chất lượng sản phẩm trong quá trình thanh tra, kiểm tra khi cần thiết.
Khi phát hiện vi phạm thực hiện xử lý theo đúng quy định của pháp luật; tuyệt đối không để các sản phẩm không bảo đảm an toàn thực phẩm, không rõ nguồn gốc, không đúng quy định về ghi nhãn hoặc có các vi phạm khác lưu thông trên thị trường; không để các sản phẩm quảng cáo sai quy định tiếp tục lưu hành; không để các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm không bảo đảm an toàn thực phẩm tiếp tục hoạt động khi chưa thực hiện các biện pháp khắc phục có hiệu quả. Trong quá trình thanh tra, kiểm tra, xử lý các vi phạm, khi cần thiết các Đoàn chuyển hồ sơ vi phạm cho Thanh tra chuyên ngành về Y tế, Công Thương, NN&PTNT hoặc cơ quan chức năng của địa phương nơi có cơ sở được thanh tra, kiểm tra để xử lý theo quy định. Đồng thời, UBND TP Hải Phòng ban hành Quyết định kiểm tra liên ngành về an toàn thực phẩm đợt Tết Trung thu năm 2018. Đồng thời, thành lập 2 Đoàn kiểm tra liên ngành an toàn thực phẩm.
