Theo đó, Bộ Tài nguyên và Môi trường đề nghị UBND thành phố chỉ đạo các cơ quan chuyên môn trong quá trình thẩm định, phê duyệt các dự án đầu tư mới cần yêu cầu các chủ đầu tư phải có trạm xử lý nước thải đạt Quy chuẩn Việt Nam theo quy định trước khi xả ra môi trường; từng bước rà soát các dự án khu đô thị, khu du lịch có quy mô lớn mà chưa có Trạm xử lý nước thải phải có lộ trình đầu tư công trình xử lý môi trường theo quy định, bao gồm hệ thống thoát nước mưa riêng biệt với nước thải, công trình xử lý nước thải đáp ứng yêu cầu kỹ thuật về bảo vệ môi trường của dự án, nhằm giảm thiểu sức chịu tải của các Trạm xử lý nước thải sinh hoạt tập trung của thành phố.
Đồng thời, yêu cầu các đơn vị tiếp nhận nước thải phải thường xuyên bảo dưỡng, bảo trì các công trình xử lý nước thải đảm bảo hiệu quả xử lý nước thải đạt các Quy chuẩn Việt Nam trước khi xả thải; có phương án, kế hoạch phòng ngừa, ứng phó sự cố tại các trạm xử lý nước thải. Có kế hoạch đầu tư xây dựng hệ thống thu gom nước thải của thành phố Đà Nẵng riêng biệt với nước mưa, tránh để xảy ra tình trạng ô nhiễm môi trường biển. Bên cạnh đó, tiếp tục đầu tư mới Trạm xử lý nước thải Ngũ Hành Sơn và Trạm xử lý nước thải Liên Chiểu; nâng công suất xử lý của các Trạm xử lý nước thải Hòa Xuân, Sơn Trà, Phú Lộc đảm bảo khả năng tiếp nhận và xử lý đạt Quy chuẩn Việt Nam trước khi xả thải ra môi trường.
Ban hành quy trình vận hành đối với các trạm bơm nước thải, lưu ý phải vận hành khi trời mưa nhằm hạn chế việc xả tràn nước thải lẫn nước mưa gây ô nhiễm môi trường; nghiên cứu phương án xả thải chủ động, có kiểm soát đảm bảo thu gom triệt để lượng nước thải ô nhiễm để xử lý. Tăng cường các trạm bơm dọc tuyến ven biển Thanh Bình, Thọ Quang, Mỹ Khê và dọc bờ sông Hàn, đặc biệt là đảm bảo bố trí máy bơm đủ công suất và liên tục cho khu vực ven biển thuộc khu vực Ngũ Hành Sơn, Thanh Khê, Liên Chiểu.
Bộ Tài nguyên và Môi trường cũng đề nghị UBND thành phố chỉ đạo Công ty Thoát nước và xử lý nước thải nghiên cứu giải pháp công nghệ nhằm có biện pháp xử lý khẩn cấp đối với nước thải tại các cửa xả ra biển trong trường hợp có trời mưa và các trạm bơm nước thải dừng hoạt động. Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra các nguồn thải, xử lý nghiêm các vi phạm theo quy định của pháp luật; tiếp tục duy trì và nâng cấp mạng lưới quan trắc môi trường nhằm theo dõi chất lượng môi trường nước biển ven bờ của vùng biển Đà Nẵng để có giải pháp quản lý phù hợp.