Lưu vực sông Đáy thuộc địa phận 5 tỉnh, thành phố: Hà Nội, Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình và Hòa Bình. Hiện tại, trên lưu vực có 3 công trình thủy lợi tiếp nguồn nước từ sông Hồng vào hệ thống sông Đáy, gồm các cống: Cẩm Đình - Hiệp Thuận, Liên Mạc và Tắc Giang. Tuy nhiên, những năm gần đây, mực nước sông Hồng thường xuyên suy giảm nên cả ba công trình tiếp nguồn này không lấy đủ nước đúng công suất thiết kế vào mùa kiệt. Thực hiện các quy hoạch của những năm trước, Bộ NN&PTNT và 5 tỉnh, thành phố đã đầu tư xây dựng khoảng 2.500 công trình thủy lợi lấy nước đáp ứng nhu cầu tưới cho 428.873ha. Nhưng hiện nay, hệ thống thủy lợi này chỉ phục vụ được 246.418ha. Thực tế này không chỉ tạo ra áp lực rất lớn cho các tỉnh, thành phố trong việc lấy nước phục vụ phát triển nông nghiệp, dân sinh mà còn khiến các dòng sông: Nhuệ, Đáy, Bùi, Tích… trong lưu vực bị “chết” vì ô nhiễm và cạn kiệt.
Bên cạnh đó, toàn lưu vực sông Đáy hiện có 1.691 công trình thủy lợi, được thiết kế đáp ứng yêu cầu tiêu úng cho 540.795ha. Tuy nhiên, do nhiều dòng sông trong lưu vực bị bồi lắng, lấn chiếm làm thu hẹp lòng dẫn; nhiều công trình thủy lợi đầu mối được xây dựng từ lâu, xuống cấp không bảo đảm năng lực tiêu thoát cũng như an toàn phòng, chống lũ... nên khả năng tiêu úng của hệ thống chỉ đáp ứng khoảng 80% diện tích. Đây chính là một trong những nguyên nhân khiến tình trạng ngập lụt liên tiếp xảy ra ở các huyện Chương Mỹ, Mỹ Đức, Quốc Oai (TP Hà Nội) trong 10 năm gần đây…
Để đáp ứng yêu cầu tưới cho diện tích đất sản xuất nông nghiệp của 5 tỉnh, thành phố trong lưu vực, Viện Quy hoạch thủy lợi (Bộ NN&PTNT) đã nghiên cứu và đề xuất 4 phương án cấp nguồn cho sông Đáy là: Cải tạo lòng dẫn; xây dựng đập dâng trên sông Hồng; cải tạo, nâng cấp công trình lấy nước bằng động lực; điều tiết các hồ chứa thượng nguồn bổ sung cho hạ du sông Hồng, sông Thái Bình. Về giải pháp tiêu cho lưu vực sông Đáy, Viện Quy hoạch thủy lợi đề xuất Bộ NN&PTNT và 5 tỉnh, thành phố ưu tiên đầu tư nạo vét các trục sông, nhánh sông chính bảo đảm dẫn nước tiêu cho toàn hệ thống; xây dựng mới trạm bơm tiêu Liên Mạc, Yên Nghĩa, Âu Lê thuộc địa bàn TP Hà Nội và tỉnh Ninh Bình; đầu tư xây dựng hệ thống đê bao và các trạm bơm tiêu vùng hữu sông Bùi, hữu sông Đáy thuộc địa bàn TP Hà Nội và tỉnh Hà Nam; cải tạo, nâng cấp 124 cống, 233 trạm bơm tưới, tiêu kết hợp; xây dựng mới 2 cống và 58 trạm bơm... Theo tính toán của Viện Quy hoạch thủy lợi, tổng kinh phí để thực hiện các giải pháp trên khoảng 43.639 tỷ đồng, trong đó, nhu cầu kinh phí đầu tư giai đoạn từ nay đến năm 2025 khoảng 25.685 tỷ đồng, giai đoạn 2026-2035 khoảng 17.954 tỷ đồng…
Đánh giá cao những đề xuất trên, các tỉnh, thành phố trong lưu vực sông Đáy còn băn khoăn về tính khả thi của quy hoạch. Theo Phó Giám đốc Sở NN&PTNT Hà Nội Phạm Văn Khương, Viện Quy hoạch thủy lợi cần bổ sung các giải pháp huy động nguồn lực để đầu tư xây dựng các công trình theo quy hoạch; bổ sung phương án quản lý các hồ chứa trong lưu vực theo hướng tích hợp nhiều mục tiêu và đề xuất các giải pháp phi công trình như vận động nhân dân bảo vệ và làm sạch các dòng sông…
Thứ trưởng Bộ NN&PTNT Hoàng Văn Thắng cho rằng, Viện Quy hoạch thủy lợi cần tiếp tục phối hợp chặt chẽ với TP Hà Nội để làm rõ các giải pháp chống ngập úng cho các huyện thuộc vùng sông Tích, sông Bùi. Viện Quy hoạch thủy lợi cũng cần phân tích mối quan hệ cấp nước, tiêu nước của hệ thống sông Hồng và sông Đáy để có cơ sở lập quy hoạch điều chỉnh, ưu tiên nguồn lực đầu tư nâng cấp hạ tầng vùng có nguy cơ rủi ro thiên tai cao, vùng cấp thiết sản xuất nông nghiệp, phù hợp và đáp ứng các yêu cầu về tái cơ cấu nông nghiệp gắn với đô thị hóa…