Đến năm 2009, dự án được điều chỉnh, bổ sung quy mô thân đập bằng bê tông, tổng vốn đầu tư tăng lên 225,3 tỉ đồng. Tháng 9/2010, công trình được khởi công rầm rộ. Sau khi khởi công, công trình lại tiếp tục được điều chỉnh bổ sung, nâng cấp khiến tổng mức đầu tư tăng lên 325 tỉ rồi lên 424 tỉ đồng tính đến thời điểm năm 2013.
Tháng 6/2013, Công ty CP tập đoàn Phúc Sơn có công văn đề xuất thực hiện dự án này theo hình thức BT và UBND tỉnh Quảng Ngãi đã có công văn đề nghị lên Ban thường vụ Tỉnh ủy xem xét. Tuy nhiên, dự án vẫn lỡ hẹn chưa thực hiện. Ngày 27/10/2017, Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi Trần Ngọc Căng ký ban hành quyết định về việc phê duyệt chủ trương đầu tư dự án đập dâng hạ lưu sông Trà Khúc với tổng mức đầu tư dự kiến lên đến 955 tỉ đồng. Theo quyết định này, công trình có các hạng mục gồm: đập dâng dài 893m, cầu giao thông dài 1.125m và một số hạng mục phụ.
Năm 2018, tỉnh Quảng Ngãi ký quyết định cho thực hiện dự án với tổng mức đầu tư lên gần 1.500 tỉ đồng. Theo đó, dự án sẽ xây dựng ở đoạn qua xã Tịnh An và Nghĩa Dũng, TP. Quảng Ngãi. Vị trí xây dựng đập dâng cách cầu Trà Khúc 2 khoảng 3,2km về phía hạ lưu. Dự án được thuyết trình là dự án thủy lợi kết hợp giao thông gồm phần đập dâng với phần chính là cổng ngăn sông có cửa van điều tiết và tràn. Ngoài ra còn có âu thuyền, cầu và đường giao thông… Thời gian thực hiện dự kiến từ năm 2018 - 2021.
Sau gần chục năm trời ngâm dự án, tỉnh Quảng Ngãi mới đây hối hả cho công tác khởi động lại dự án khi đã thay đổi từ con số 60 tỉ lên 1.500 tỉ mà công tác đánh giá tác động môi trường còn cần nhiều phân tích. Theo kế hoạch, tỉnh Quảng Ngãi sẽ đưa dự án đập dâng hạ lưu sông Trà Khúc vào khởi công đúng dịp kỷ niệm 30 năm tái lập tỉnh vào tháng 7/2019. Dự án do Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình giao thông tỉnh Quảng Ngãi làm chủ đầu tư, đơn vị tư vấn đánh giá tác động môi trường dự án là Công ty TNHH dịch vụ và công nghệ Môi trường xanh. Ngày 17/5/2019, Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi ký quyết định phê duyệt ĐTM dự án này.
Tuy nhiên, mới đây nhất, vào ngày 7/6/2019, Hội Nghề cá đã có văn bản gửi lên UBND tỉnh Quảng Ngãi chỉ đạo chủ đầu tư dự án bổ sung thêm nội dung đánh giá tác động môi trường của dự án đối với môi trường sinh sản, sinh trưởng tự nhiên của nguồn lợi thủy sản và đời sống của một bộ phận dân cư hành nghề đánh bắt, nuôi trồng, chế biến, kinh doanh các giống loài thủy sản nước ngọt, nước lợ hai bên bờ sông Trà Khúc đoạn từ hạ lưu chân đập Thạch Nham đến vùng nước lợ cửa Đại.
Từ đó, chủ đầu tư cùng đơn vị tư vấn đề xuất những giải pháp công trình hoặc phi công trình nhằm hạn chế, giảm thiểu những ảnh hưởng tiêu cực (nếu có) của dự án trong quá trình thi công và vận hành sau khi hoàn thành nhằm phát huy hiệu quả tối ưu của dự án.
Theo Hội Nghề cá tỉnh Quảng Ngãi: “Qua xem xét vị trí, quy mô của dự án (cách cầu Trà Khúc 2 về phía hạ lưu khoảng 3,2km, cách cửa Đại khoảng 6km; cao trình mực nước dâng là +3,5m; diện tích mặt nước chứa khoảng 10km2 tính từ vị trí đập dâng đến thôn An Thành, xã Tịnh Minh ở phía thượng lưu) sẽ có tác động lớn đến môi trường, nguồn lợi thủy sản và đời sống của một bộ phận dân cư hành nghề thủy sản trên đoạn sông Trà Khúc từ hạ lưu chân đập Thạch Nham đến Cửa Đại”.
Theo hội này, vùng hạ lưu sông Trà Khúc từ bao đời nay là thủy vực tự nhiên quan trọng cho nhiều giống loài thủy sản sinh sản, sinh trưởng, hình thành nguồn lợi thủy sản phong phú và các nghề truyền thống của một bộ phận cư dân Quảng Ngãi.
Cùng với nhiều tài liệu khoa học đã nghiên cứu, khảo sát trong thời gian gần đây cho thấy một số loài thủy sản đặc hữu, có giá trị kinh tế và thương hiệu sản phẩm truyền thống (cá bống sông Trà, don Quảng Ngãi…) là nguồn thu nhập đáng kể cho hàng trăm hộ dân cư và góp phần cho sự phát triển kinh tế - xã hội của địa phương.
Qua nghiên cứu tài liệu báo cáo đánh giá tác động môi trường dự án đập dâng hạ lưu sông Trà Khúc do chủ dự án và đơn vị tư vấn lập, Hội Nghề cá tỉnh Quảng Ngãi nhận thấy bản báo cáo này tuy đã đề cập đến việc “đánh giá hiện trạng tài nguyên sinh vật” (trang 69, mục 2.1.5.), nhưng nội dung thực hiện nêu rõ là “lấy mẫu vi sinh vật nhằm phân tích hiện trạng vi sinh vật trên sông Trà Khúc đoạn qua thành phố Quảng Ngãi”.
.jpg "Bộ trưởng Đặng Quốc Khánh: Nghiêm túc đánh giá tác động môi trường trong hoạt động lấn biển")
