Ngay sau khi xảy ra sự cố, Tổng công ty đầu tư và phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) đã có văn bản báo cáo các cơ quan liên quan và đề nghị phối hợp. UBND tỉnh Yên Bái đã có văn bản đề nghị Bộ Giao thông vận tải tổ chức thực hiện giám định nguyên nhân sự cố công trình xây dựng.
Ngày 11/9/2018, Bộ Giao thông vận tải đã thành lập tổ điều tra sự cố để giám định nguyên nhân và tổ chức họp về phương án đảm bảo giao thông, khắc phục sự cố cầu Ngòi Thủ.
Mặt khác, UBND tỉnh đã chỉ đạo cơ quan chức năng phối hợp với cơ quan của Bộ Giao thông vận tải thực hiện nhiệm vụ theo thẩm quyền. Trong quá trình giám định, UBND tỉnh Yên Bái đã tổ chức thực hiện phân luồng từ xa cho các phương tiện tham gia giao thông trên đường cao tốc và các tuyến quốc lộ, đường tỉnh trên địa bàn tỉnh Yên Bái để không xảy ra tình trạng ùn tắc và mất an toàn giao thông.
Trên cơ sở kết quả giám định Viện Khoa học và Công nghệ Giao thông vận tải, sự cố công trình Ngòi Thủ tại km136+108, đường cao tốc Nội Bài – Lào Cai là do tai nạn giao thông gây ra.
Để khắc phục sự cố, Tổng công ty đầu tư và phát triển đường cao tốc Việt Nam đã thi công đường tránh, cầu tạm để thực hiện việc thông xe tạm thời trên tuyến; phân luồng tổ chức giao thông đặc biệt trên tuyến đường cao tốc ngay sau khi xảy ra sự cố đến khi hoàn thành đường tránh và cầu tạm. Đồng thời, thực hiện công tác sửa chữa, thay thế, khắc phục cầu Ngòi Thủ hiện tại đảm bảo khả năng chịu lực theo thiết kế ban đầu.
Nguyên nhân sự cố công trình cầu Ngòi Thủ là do tai nạn giao thông gây ra nên việc phân định trách nhiệm sẽ theo kết luận của cơ quan điều tra.