Sau khi ì ạch thi công (chậm tiến độ theo kế hoạch đề ra hơn 3 năm), Nhà máy bắt đầu đi vào hoạt động (tháng 6/2015). Tuy nhiên, vừa đưa vào vận hành thử nghiệm, Nhà máy này đã gặp phải sự phản đối quyết liệt của người dân địa phương vì gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng.
Qua nhiều đợt kiểm tra của các lực lượng chức năng từ Trung ương đến địa phương đều phát hiện, trong quá trình sản xuất, Nhà máy không tuân thủ nghiêm nội dung báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được phê duyệt. Kết quả lấy mẫu xét nghiệm nước xả thải từ nhà máy cho thấy, nồng độ PH vượt cao nhiều lần mức cho phép. Thế nhưng, Nhà máy này vẫn không khắc phục.
Được biết, doanh nghiệp này đã bị xử phạt vi phạm hành chính liên quan đến hành vi gây ô nhiễm môi trường với số tiền hơn 730 triệu đồng. Cùng với đó, tháng 8/2016, Phó Chủ tịch Thường trực UBND tỉnh Quảng Nam Huỳnh Khánh Toàn đã ký văn bản gửi Bộ TN&MT yêu cầu nhà máy sô đa Chu Lai tạm dừng hoạt động để khắc phục tình trạng gây ô nhiễm môi trường mà Tổng cục Môi trường đã có kết luận thanh tra trước đó. Lãnh đạo tỉnh Quảng Nam cho rằng, việc tạm dừng hoạt động của Nhà máy sản xuất Sô Đa là cần thiết, buộc doanh nghiệp có giải pháp khắc phục hậu quả về môi trường.
Theo nội dung công văn, Nhà máy chỉ được hoạt động trở lại khi được cấp có thẩm quyền kiểm tra việc khắc phục hậu quả, có giấy xác nhận hoàn thành các công trình bảo vệ môi trường, cấp phép xả nước thải vào nguồn nước theo đúng quy định. Tuy vậy, sau 2 năm, Nhà máy vẫn không khắc phục những nội dung mà lãnh đạo tỉnh Quảng Nam yêu cầu.
Việc Nhà máy sản xuất sô đa Chu Lai phải ngừng hoạt động đã kéo theo rất nhiều hệ lụy. Ngoài nợ tiền lương người lao động, doanh nghiệp này còn chưa thanh toán tiền cho các đối tác là nhà thầu thi công nhà máy, tiền nguyên liệu sản xuất. Trong đó, doanh nghiệp nợ Trung tâm Phát triển hạ tầng thuộc Ban Quản lý Khu kinh tế mở Chu Lai gần 50 tỷ đồng tiền thuê sử dụng đất thời hạn 50 năm.
Đặc biệt, từ khi đầu tư đến nay, Công ty CP Sản xuất sô đa Chu Lai là con nợ của 5 ngân hàng với tổng số tiền hơn 2.300 tỷ đồng. Với số tiền mà công ty nợ quá lớn trong khi phương án phục hồi sản xuất chưa rõ ràng, nếu Nhà máy đóng cửa, nhiều khả năng các ngân hàng sẽ đối mặt với tình trạng nợ xấu.
Theo Ban Quản lý Khu kinh tế mở Chu Lai, đến nay Nhà máy sản xuất sô đa Chu Lai đã ngưng hoạt động hoàn toàn, tuy nhiên nhà máy vẫn chưa khắc phục hệ thống xử lý ô nhiễm môi trường như yêu cầu của chính quyền tỉnh Quảng Nam.