Theo Quyết định số 64/2003/QĐ-TTg ngày 22/4/2003 của Thủ tướng Chính phủ, Sơn La có 5 cơ sở thuộc diện gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng gồm: Nhà máy Giấy Grap - Mai Sơn; Bệnh viện đa khoa tỉnh Sơn La; Nhà máy xi măng Chiềng Sinh; Bệnh viện Lao và Bệnh phổi Mai Sơn; Nhà máy đường Mai Sơn.
Đến năm 2013, tỉnh Sơn La có 13 cơ sở theo Quyết định số 1788/QĐ-TTg ngày 01/10/2013 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Kế hoạch xử lý triệt để các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng đến năm 2020 gồm: Bệnh viện Tâm thần tỉnh Sơn La, Trung tâm giáo dục lao động tỉnh Sơn La, Trung tâm giáo dục lao động thành phố Sơn La và Trung tâm giáo dục lao động các huyện: Mai Sơn, Bắc Yên, Phù Yên, Mộc Châu, Thuận Châu, Mường La, Sông Mã, Yên Châu, Sốp Cộp, Quỳnh Nhai.
Cuối năm 2013, tỉnh Sơn La tiến hành rà soát, bổ sung có 16 cơ sở, theo Quyết định 1972/QĐ-UBND ngày 9/9/2013 của UBND tỉnh, gồm: Bệnh viện Y học cổ truyền, Bệnh viện Lao và Bệnh phổi, Bệnh viện Đa khoa tỉnh, Bệnh viện Tâm Thần; Bệnh viện Phong và Da liễu; Bãi rác bản Khoang thành phố Sơn La và Bệnh viện Đa khoa các huyện: Yên Châu, Mộc Châu, Đa khoa Thảo Nguyên Mộc Châu, Thuận Châu, Sông Mã, Mường La, Quỳnh Nhai, Mai Sơn, Bắc Yên, Sốp Cộp.
Năm 2015, có 9 cơ sở, theo Quyết định số 3276/QĐ-UBND ngày 23/12/2015 của UBND tỉnh, gồm: Bệnh viện Tâm Thần; Bệnh viện Phong và Da liễu; Bãi rác bản Khoang thành phố Sơn La và Bệnh viện Đa khoa các huyện: Yên Châu, Mộc Châu, Đa khoa Thảo Nguyên Mộc Châu, Thuận Châu, Sông Mã, Mường La. Trong 9 cơ sở này, 4 cơ sở đã đầu tư hệ thống xử lý, đủ điều kiện ra khỏi cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng gồm Bệnh viện đa khoa các huyện: Thuận Châu, Mộc Châu, Mường La, Đa khoa Thảo Nguyên Mộc Châu. 1 cơ sở đã dừng hoạt động là Bãi rác bản Khoang thành phố Sơn La.
Như vậy, theo 4 quyết định trên, toàn tỉnh Sơn La có tổng cộng 32 cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng cần phải xử lý triệt để. Đến thời điểm hiện tại, 28/32 cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng đã được xử lý hoặc dừng hoạt động, đạt tỷ lệ 87,5%.
4/32 cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng đang được lập dự án và tiến hành đầu tư, gồm Bệnh viện đa khoa huyện Yên Châu, Bệnh viện đa khoa huyện Sông Mã, Bệnh viện Tâm Thần, Bệnh viện Phong và Da liễu; chiếm tỷ lệ 12,5%.