Theo đó, trên lưu vực sông Cả, từ ngày 20/7 đến 30/11 hàng năm các hồ: Bản Vẽ, Khe Bố, Chi Khê, Nậm Nơn, Nậm Mô, Bản Ang, Bản Mồng, Nhạn Hạc A, Châu Thắng và từ ngày 15/8 đến 30/11 hàng năm các hồ: Ngàn Trươi, Hố Hô vận hành trong mùa lũ theo nguyên tắc thứ tự ưu tiên sau: 1- Đảm bảo an toàn công trình: Đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các công trình Bản Vẽ và Nậm Nơn, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 5.000 năm; đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các công trình Khe Bố, Chi Khê, Bản Mồng và Ngàn Trươi, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 1.000 năm; đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các công trình Nậm Mô, Bản Ang, Nhạn Hạc A, Châu Thắng và Hố Hô, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 500 năm; 2- Góp phần giảm lũ cho hạ du; 3- Đảm bảo hiệu quả cấp nước, phát điện và dòng chảy tối thiểu trên sông.
Đối với lưu vực sông Hương, từ ngày 1/9 đến ngày 15/12 hàng năm các hồ: Tả Trạch, Bình Điền, Hương Điền, A Lưới, A Lin Thượng, cụm hồ A Lin 3 - A Lin B1, A Lin B2, Rào Trăng 3, Rào Trăng 4, A Roàng, Sông Bồ, Thượng Nhật, Thượng Lộ và đập Thảo Long vận hành trong mùa lũ theo nguyên tắc thứ tự ưu tiên sau: 1- Đảm bảo an toàn công trình: Đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các công trình hồ chứa Tả Trạch, Bình Điền, Hương Điền, A Lưới và A Lin 3, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 1.000 năm; đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các công trình hồ chứa A Lin B1, A Lin B2, Rào Trăng 3, Rào Trăng 4, A Roàng, Sông Bồ, Thượng Nhật và Thượng Lộ không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 500 năm; đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình hồ chứa A Lin Thượng không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 200 năm; 2- Góp phần giảm lũ cho hạ du; 3- Đảm bảo hiệu quả cấp nước, phát điện và dòng chảy tối thiểu trên sông.
Việc thực hiện chế độ vận hành bảo đảm an toàn công trình được thực hiện theo quy trình vận hành của hồ đã được cấp có thẩm quyền ban hành, trừ các trường hợp bất thường theo quy định hoặc các trường hợp khác do Thủ tướng Chính phủ hoặc Trưởng Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai quyết định.
Việc vận hành giảm lũ cho hạ du bảo đảm không được gây đột biến dòng chảy, bất thường đe dọa trực tiếp đến tính mạng và tài sản của người dân ở khu vực ven sông ở hạ du các hồ chứa; trường hợp gây thiệt hại thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật.
Trong thời gian vận hành mùa lũ theo quy định, khi chưa tham gia vận hành giảm lũ cho hạ du, mực nước các hồ chứa không được vượt quá mực nước cao nhất trước lũ theo quy định.
Trong quá trình vận hành phải thường xuyên theo dõi, cập nhật thông tin về tình hình thời tiết, mưa, lũ; mực nước tại các trạm thủy văn; mực nước, lưu lượng đến hồ và các bản tin dự báo tiếp theo để vận hành, điều tiết hồ cho phù hợp với tình hình thực tế.
Khi kết thúc quá trình giảm lũ cho hạ du, vận hành trong tình huống bất thường hoặc vận hành bảo đảm an toàn công trình phải đưa dần mực nước hồ về mực nước cao nhất trước lũ theo quy định.