Trước đó, vào khoảng 18h tối ngày 21/2, đoàn tàu mang số hiệu SE7 chạy từ Hà Nội vào TP.HCM, thời điểm này trên tàu có gần 1.000 hành khách. Khi đến Km 537+700 (khu gian Lệ Kỳ - Long Đại) thuộc địa phận xã Hiền Ninh, huyện Quảng Ninh đã bị một số đối tượng từ dưới đường ném đá lên làm vỡ lớp ngoài 4 tấm kính cửa sổ (3 tấm kính cố định ở toa 31483, 31616 và 1 tấm kính di động ở toa 11462) gây ảnh hưởng đến hành trình chạy tàu.
Sự việc khiến nhiều hành khách hoảng loạn, nhân viên toa tàu đã nhanh chóng có mặt để xử lý và trấn an hành khách. Sau đó, tàu SE7 phải về dừng tại ga Mỹ Đức để làm biên bản ghi nhận sự việc, gửi lại cho 2 ga hai đầu phối hợp xử lý.
Ngay sau khi nhận được tin báo, huyện Quảng Ninh đã chỉ đạo lực lượng xác minh, điều tra và phát hiện nhóm đối tượng nghi vấn gồm 9 học sinh,Trường PTDT Nội trú huyện Quảng Ninh.
Nhóm học sinh gồm: Hồ Văn T.(2009, trú xã Trường Sơn), Hồ Hải Nhật A, Hồ Nhật H, Hồ V Tr, Hồ H, Hồ D, (đều SN 2009, trú tại xã Trường Xuân), Hồ Hoàng Nhật.L và Hồ.D (đều SN 2010, trú xã Trường Xuân).
Tại cơ quan chức năng, bước đầu, nhóm học sinh nói trên đã thừa nhận hành vi ném đá lên tàu hỏa. Hiện công an xã Hiền Ninh đang lập hồ sơ, tiến hành xử lý vụ việc.