Với phương châm không làm thay quản lý ngành, lĩnh vực mà đóng vai trò định hướng, điều phối các hoạt động quản lý ngành, lĩnh vực; giúp khắc phục các xung đột, mâu thuẫn trong quản lý theo ngành, lĩnh vực; sử dụng hợp lý, hiệu quả tài nguyên, bảo vệ môi trường và các hệ sinh thái biển, hải đảo; thống nhất các hoạt động quản lý tài nguyên, môi trường biển và hải đảo từ Trung ương đến địa phương, đảm bảo phát triển bền vững biển và hải đảo.
Tính tổng hợp trong quản lý tài nguyên biển và hải đảo được thể hiện trên 3 phương diện, đó là tổng hợp theo tính hệ thống. Nghĩa là mỗi vùng biển được coi là một hệ thống tài nguyên thống nhất, được quản lý theo phương thức không cắt rời, chia nhỏ hay xem xét các thành phần của nó một cách riêng biệt để đảm bảo tính toàn vẹn; đồng thời, xem xét vùng biển là hệ thống tương tác giữa tự nhiên và xã hội, giữa các yếu tố sinh học và phi sinh học.
Tiếp theo là tổng hợp theo chức năng. Theo đó, mỗi vùng biển là một hệ thống nhiều chức năng, cần được xem xét sử dụng cho phù hợp với các chức năng đó và trong giới hạn chịu tải của hệ thống, tiểu hệ thống trong vùng. Và tổng hợp về phương thức quản lý là phương thức quản lý theo chiều dọc (các cấp) và chiều ngang (các bên liên quan) để đảm bảo tính đa ngành, đa cấp; đồng thời, phải có cơ chế liên kết chặt chẽ giữa các chính sách quản lý và hành động quản lý.
Luật TNMT biển, hải đảo có hiệu lực đã thể chế hóa một cách rõ ràng về phương thức quản lý này. Nội dung của Luật TNMT biển đảo đã bám sát mục tiêu nhằm quản lý có hiệu quả hơn các hoạt động điều tra, thăm dò, khai thác, sử dụng các loại tài nguyên biển và hải đảo trên các vùng biển của nước ta bằng phương thức quản lý tổng hợp. Do vậy, Luật chỉ tập trung quy định các công cụ, cơ chế để điều phối, phối hợp, không quy định về quản lý, khai thác, sử dụng loại tài nguyên biển cụ thể. Điều đó sẽ tránh chồng chéo với các luật chuyên ngành mà cùng với các luật chuyên ngành tạo thành hệ thống pháp luật đồng bộ để quản lý tài nguyên, bảo vệ môi trường biển và hải đảo, phù hợp với các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
Trong Luật TNMT biển, hải đảo quy định ghi nhận các nguyên tắc, chế định rất mới như: quản lý tổng hợp tài nguyên biển và hải đảo phải dựa trên tiếp cận hệ sinh thái, quyền tiếp cận của người dân với biển, nghiêm cấm các hoạt động trong hành lang bảo vệ bờ biển và trên quần đảo, đảo, bãi cạn lúc chìm lúc nổi, bãi ngầm phải bảo vệ, bảo tồn.
Bởi việc quản lý tổng hợp không phải là thay quản lý ngành, lĩnh vực mà đóng vai trò định hướng, điều phối các hoạt động quản lý ngành nên xét về trách nhiệm, Luật chỉ rõ: “Trách nhiệm cụ thể của các Bộ, ngành trong quản lý, khai thác, bảo vệ tài nguyên biển và hải đảo đối với các loại tài nguyên cụ thể đã được quy định và thực hiện theo pháp luật chuyên ngành (như pháp luật về thủy sản, khoáng sản, dầu khí, du lịch…); trách nhiệm bảo vệ môi trường biển cũng được quy định trong pháp luật bảo vệ môi trường”.
Luật này chỉ tập trung quy định về các công cụ, cơ chế, chính sách điều phối, phối hợp liên ngành, liên vùng; giao Chính phủ thống nhất quản lý Nhà nước về tài nguyên, môi trường biển và hải đảo; Bộ TN&MT chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường biển và hải đảo để bảo đảm yêu cầu của công tác quản lý tổng hợp.
