Trước đó, tại Tờ trình số 95/TTr-STNMT, ngày 7/5/2018 của Sở Tài nguyên và môi trường tỉnh Điện Biên, đề xuất với UBND tỉnh Điện Biên, mức xử phạt Cty Hồng Diệp Điện Biên số tiền là 770 triệu đồng. Tuy nhiên, để đảm bảo căn cứ pháp lý và quy định của pháp luật trước khi ban hành quyết định xử phạt Công ty Hồng Diệp Điện Biên, Văn phòng UBND tỉnh Điện Biên đề nghị lấy ý kiến tham gia của Sở Tư pháp tỉnh Điện Biên.
Ngày 23/5/2018, Sở Tư pháp tỉnh Điện Biên, ban hành văn bản số 546/STP-QLXLVPHC&TDTHPL, ngày 23/5/2018, nội dung của công văn này chỉ rõ các căn cứ hành vi, vi phạm và mức xử phạt vi phạm hành chính.
Sở Tư pháp tỉnh Điện Biên, nhận định biên bản vi phạm hành chính và các hành vi vi phạm được các sở, ngành chức năng lập theo đúng quy định và tổ chức vi phạm hành chính là Công ty Hồng Diệp Điện Biên. Tuy nhiên, việc tham mưu của đơn vị chuyên môn cho UBND tỉnh Điện Biên ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính với Công ty Hồng Diệp Điện Biên còn chậm trễ, chưa kịp thời, dẫn đến một số lỗi vi phạm đã hết hiệu lực vì để quá thời hạn xử phạt hành chính.
Theo Sở Tư pháp, những lỗi vi phạm trong lĩnh vực kế hoạch đầu tư, vi phạm trong hoạt động đầu tư và lĩnh vực, báo cáo đánh giá tác động môi trường… các sở, ngành đã không phát hiện kịp thời, còn tồn tại trong việc giám sát kiểm tra, phát hiện vi phạm xử lí làm chậm thời hạn tham mưu ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính của C.ty Hồng Diệp Điện Biên.
Trên cơ sở ý kiến tham gia của Sở Tư pháp, ngày 1/6/2018, ban hành Công văn số 1439/UBND-KTN của UBND tỉnh Điện Biên, về việc thống nhất tham mưu nội dung xử phạt hành chính C.ty CP tinh bột Hồng Diệp Điện Biên, giao Sở Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với Sở Tư pháp, Công an tỉnh và các đơn vị liên quan căn cứ hồ sơ tài liệu, tình hình thực tế và đối chiếu với các quy định hiện hành để hoàn thiện, thống nhất mức xử phạt đối với Cty Hồng Diệp Điện Biên.
Trên cơ sở đó, ngày 12/6/2018 UBND tỉnh Điện Biên ban hành Quyết định số 492/QĐ-XPVPHC về việc xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty Cổ phần tinh bột Hồng Diệp Điện Biên, với 2 lỗi vi phạm chính: một là chưa hoàn thiện khu vực xử lý nước thải sản xuất theo quy định nhưng vẫn thực hiện vận hành thử nghiệm dẫn đến sự cố vỡ ao chứa nước thải tạm thời chưa qua xử lý, tràn ra suối gây nên hiện tượng cá chết hàng loạt trên suối Nậm Núa. Hai là, lỗi Công ty Hồng Diệp Điện Biên đưa hạng mục công trình xây dựng vào sử dụng khi chưa có sự chấp thuận của cơ quan quản lý Nhà nước có thẩm quyền. Áp dụng theo quy định của pháp luật hiện hành, hình thức xử phạt chính đối với Công ty Hồng Diệp Điện Biên là nộp tiền, số tiền xử phạt là 370 triệu đồng.
Như vậy, quá trình ban hành quyết định, áp dụng mức xử phạt vi phạm hành chính là 370 triệu đồng đối với Công ty Hồng Diệp Điện Biên UBND tỉnh Điện Biên đã thực hiện đảm bảo căn cứ pháp lý và đúng quy định của pháp luật hiện hành. Tuy nhiên, UBND tỉnh Điện Biên cũng cần xem xét trách nhiệm của các sở, ngành chuyên môn trong việc giám sát, kiểm tra buông lỏng việc quản lý C.ty CP tinh bột Hồng Diệp Điện Biên trong quá trình triển khai dự án và vận hành thử nghiệm đã để xảy ra những tồn tại kể trên.