Trong quá trình thực thi Nghị định số 82/2017/NĐ-CP (có hiệu lực từ ngày 1/9/2017) của Chính Phủ quy định phương pháp tính, mức thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước trên địa bàn tỉnh Điện Biên còn tồn tại bất cập.
Cụ thể, việc xây dựng hai Nhà máy thủy điện Sơn La và Lai Châu đều có vùng ngập lòng hồ thuộc một phần địa phận của tỉnh Điện Biên. Do vậy để tạo điều kiện chủ động cho ngân sách địa phương chi vào các hoạt động bảo vệ tài nguyên nước, cắm mốc giới hành lang bảo vệ nguồn nước, giám sát hoạt động khai thác (theo Khoản 3 Điều 14, Nghị định 82), tỉnh Điện Biên đề xuất được hưởng % tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước, đối với Nhà máy thủy điện Sơn La 20% và đối với Nhà máy thủy điện Lai Châu là 1%.
Mặt khác, tại 2 văn bản số 12957/BTC-TCT ngày 82/10/2010 và số 5807/BTC-TCT ngày 28/4/2016 của Bộ Tài chính về kê khai nộp thuế đối với 2 Nhà máy thủy điện Sơn La và Lai Châu, quy định % số tiền tỉnh Điện Biên được hưởng tương ứng là 1% (đối với nhà máy thủy điện Lai Châu) và 20% (đối với nhà máy thủy điện Sơn La); trong khi đó, tại Khoản 1, điều 14, Nghị định số 82 lại quy định: “tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước được nộp hàng năm theo số tiền được ghi trong quyết định phê duyệt cấp quyền khai thác tài nguyên nước. Căn cứ khả năng của mình, chủ giấy phép lựa chọn phương thức nộp tiền theo tháng, quý hoặc theo năm tại Kho bạc Nhà nước địa phương nơi có công trình khai thác tài nguyên nước.”.
Như vậy theo quy định, tỉnh Điện Biên sẽ không được nhận % tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước của 2 Nhà máy thủy điện Sơn La và Lai Châu. Do 2 nhà máy này thực hiện nghĩa vụ nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước tại Kho bạc Nhà nước tỉnh Sơn La và Lai Châu, nơi đặt công trình thủy điện.
Do vậy, tỉnh Điện Biên đề xuất với các Bộ, Chính phủ xem xét cho địa phương được hưởng % tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước 2 nhà máy để có kinh phí phụ vụ công tác ổn định đời sống, phát triển sinh sinh kế cho người dân vùng di dân tái định cư phụ vụ dự án và các nhiệm vụ liên quan đến công tác quản lý, giám sát tài nguyên nước.
