Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm thành phố đã xác định nguyên nhân ban đầu dẫn đến vụ ngộ độc là do vi sinh vật. Hiện Trung tâm Y tế huyện Hoài Đức đã phun hóa chất khử khuẩn, tổng vệ sinh khu vực bếp, lớp học, xử lý môi trường xung quanh trường.
Sau khi kiểm tra khu vực bếp cung cấp các suất ăn gây ngộ độc, Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm Hà Nội phát hiện nhiều tồn tại như không tuân thủ quy trình một chiều, điều kiện vệ sinh nhà bếp không bảo đảm, chưa xuất trình được hồ sơ chứng minh nguồn gốc thực phẩm…
Với những vi phạm này, cơ quan chức năng đã yêu cầu dừng hoạt động của bếp ăn để xử lý theo quy định.