Đó là những bất cập được nhiều đại biểu và Báo cáo của các cơ quan chức chức năng đưa ra tại kỳ họp lần thứ 7, HĐND tỉnh Thanh Hóa khóa XVII. Đối với việc rà soát, điều chỉnh, bổ sung quy hoạch khoáng sản không phải là vật liệu xây dựng thông thường; khoanh định khu vực không đấu giá quyền khai thác khoáng sản theo quy định của Luật Khoáng sản còn chậm.
Các mỏ đất làm vật liệu san lấp có tận thu khoáng sản đi kèm; các mỏ khoáng sản thuộc khu vực phân tán nhỏ lẻ đã được Bộ TN&MT bàn giao cho tỉnh quản lý, cấp phép nhưng hiện nay vẫn chưa được lập quy hoạch. Có 69 mỏ đang khai thác nhưng không nằm trong quy hoạch. Trong đó có 02 mỏ quặng kim loại, 01 mỏ photphorit, 01 mỏ cao lanh, 65 mỏ san lấp.
Vẫn còn nhiều đơn vị khai thác không đúng thiết kế, bổ nhiệm Giám đốc điều hành mỏ chưa đúng về trình độ chuyên môn; việc đảm bảo an toàn lao động, vệ sinh môi trường trong hoạt động khai thác khoáng sản chưa được các đơn vị chú trọng, nên trong các năm qua vẫn để xảy ra các vụ tai nạn lao động và gây ô nhiễm môi trường. Theo kết quả kiểm tra năm 2016, có 343 mỏ đang khai thác; trong đó: 99 mỏ khai thác không đúng thiết kế chiếm 28,86%; 98 mỏ bổ nhiệm giám đốc điều hành mỏ không đúng quy định chiếm 28,57%.
Khai thác cát chưa cắm mốc, thả phao hoặc thả phao chưa đúng quy định tại các điểm góc để xác định cụ thể ranh giới khu vực mỏ được cấp vẫn còn để xảy ra. Trong năm, Sở TN&MT kiểm tra và yêu cầu 10 đơn vị dừng khai thác do chưa thả phao, chưa cắm đầy đủ mốc giới mỏ.
Một số đơn vị khai thác đất san lấp quá độ sâu cho phép, khó hoàn thổ, phục hồi môi trường. Nhiều phương tiện chở cát, đá rơi vãi làm ô nhiễm môi trường. Một số chủ mỏ khi giấy phép khai thác hết hạn nhưng chưa làm thủ tục đóng cửa mỏ. Các mỏ hết hạn nhưng đang còn moong, vách khai thác nham nhở mất an toàn còn nhiều.
Cũng như một số đơn vị được cấp phép khai thác đá làm vật liệu xây dựng thông thường có thu hồi đá khối để xẻ, chỉ tập trung vào khai thác đá khối, chưa quan tâm đầu tư dây chuyển nghiền đá vật liệu, gây lãng phí tài nguyên khoáng sản, ô nhiễm môi trường.
Các dự án khai thác, chế biến khoán sản kim loại tiến độ thực hiện chậm, sử dụng công nghệ lạc hậu gây lãnh phí tài nguyên, ảnh hưởng môi trường, hiệu quả kinh tế thấp. Hiện nay, việc khai thác và tuyển quặng cromit được sử dụng bằng công nghệ sức nước, tỷ lệ thu hồi quặng thực tế thấp, chưa thu hồi được các khoáng sản khác có giá trị đi kèm (như Niken, Côban. Do công nghệ sản xuất lạc hậu, các sả phẩm ferocrom, gang sản xuất ra chất lượng thấp, giá thành sản xuất cao nên không cạnh tranh được trên thị trường.
Tình trạng khai thác, tập kết kinh doanh cát trái phép trên địa bàn một số huyện diễn biến phức tạp, khi các lực lượng chức năng mở đợt cao điểm phòng chống thì hoạt động khai thác, vận chuyển cát trái phép trên các tuyến sông lắng xuống, sau đó lại tiếp diễn. Việc khai thác, vận chuyển cát lậu chủ yếu do các phương tiện đường thủy không đăng ký, đăng kiểm nên cơ quan chức năng khó phát hiện để xử lý. UBND tỉnh đã quyết liệt chỉ đạo việc đăng ký, đăng kiểm cho các phương tiện đường thủy nội đại nhưng kết quả chưa cao. Đến 30/11/2018 mới cấp đăng ký cho 76/349 phương tiện thủy nội địa, còn 273 phương tiện chưa có đăng ký chiếm 78,22% phương tiện đã kiểm tra.
Trong khi đó, các doanh nghiệp khai thác khoáng sản còn thất thu ngân sách trong khai thác, chế biến khoáng sản; nợ thuế ty lệ còn cao; thực hiện chưa nghiêm việc xuất hóa đơn khi bán hàng, xuất hóa đơn không kịp thời, kê khai thuế không đúng chủng loại khoáng sản, kê khai chậm so với thời gian quy định dẫn tới thất thu cho ngân sách nhà nước. Ngành thuế thực hiện đề dán giám sát khai thuế, giám trực tiếp và bằng camera tại các bãi cát, bãi đá để kiểm đếm xe, xác định khối lượng.
Nợ thuế của các doanh nghiệp trong lĩnh vực khoáng sản còn lớn. (697.330 triệu đồng, chiếm 18,7% tổng thu), có doanh nghiệp nợ tiền cấp quyền khai thác khoáng sản từ năm 2014 đến nay chưa thu được. Nhiều đơn vị nợ đọng lớn, kéo dài. Năm 2017 có 2 doanh nghiệp nợ trên 20 tỷ đồng; 2 doanh nghiệp nợ trên 10 tỷ đồng; 7 DN nợ trên 1 tỷ đồng; 15 DN nợ trên 100 triệu đồng.
Một số doanh nghiệp được cấp phép khai thác mỏ nhưng nhiều năm chưa đưa vào khai thác làm lãng phí tài nguyên đất đai.