Tại huyện vùng núi cao Quan Hóa, việc dạy và học theo mô hình VNEN còn gây khó khăn cho cả phụ huynh HS khi mà thầy cô chỉ dạy phần “nhận biết” trong sách giáo khoa, còn phần “vận dụng” các bậc phụ huynh phải trợ giúp con em mình. Trong khi nhiều phụ huynh không biết chữ, lại hay phải đi làm ăn xa nên không thể hỗ trợ cho HS trong quá trình học tập. Ngoài ra, đội ngũ GV mặc dù đã được tập huấn, nhưng vẫn còn gặp rất nhiều khó khăn, lúng túng khi tiếp cận với chương trình, sách giáo khoa,…
Bên cạnh đó, một số trường học lại duy trì song song hai chương trình VNEN và chương trình giáo dục hiện hành trong cùng 1 cấp học như Trường Tiểu học Kiên Thọ 2, huyện Ngọc Lặc. Vì cùng lúc thực hiện cả 2 chương trình nên gặp rất nhiều khó khăn trong quy trình tổ chức hoạt động học cho HS. Chương trình VNEN yêu cầu 1,5 GV/ lớp trong khi đó trường mới chỉ có 15GV/15 lớp nên chỉ có thể động viên GV tăng buổi đối với các lớp học theo mô hình VNEN bởi thời điểm hiện nay, trường hiện còn thiếu 8,5 GV theo định biên tỉnh giao.
Bà Lê Thị Tú - Phó Hiệu trưởng Trường TH Kiên Thọ 2, Ngọc Lặc cho biết: Bản thân bà cảm thấy rất thích, tâm huyết với mô hình VNEN bởi tính ưu việt của chương trình. Học VNEN HS của nhà trường từ chỗ thấy người lạ là chạy trốn đã có thể tự tin giao tiếp; chất lượng đại trà của nhà trường cũng được nâng lên rõ rệt...Tuy nhiên, các trường học đều gặp khó khăn khi không còn kinh phí hỗ trợ. Việc huy động đóng góp của nhân dân, công tác xã hội hóa hiệu quả rất thấp dẫn đến khó càng thêm khó khi thực hiện VNEN.
Ông Hoàng Văn Giao - Phó Trưởng Phòng Giáo dục Trung học, Sở GD&ĐT Thanh Hóa cho biết: Sở GD&ĐT Thanh Hóa sẽ không mở rộng mô hình VNEN nhưng vẫn khuyến khích các nhà trường tiếp tục duy trì triển khai mô hình VNEN, bởi phương pháp này phù hợp với tinh thần đổi mới về GD&ĐT đang hướng tới. Tuy nhiên, để tiếp tục duy trì mô hình VNEN thì Bộ GD&ĐT cần định kỳ tổ chức tập huấn bồi dưỡng, nâng cao năng lực cho GV cốt cán các tỉnh, triển khai tập huấn đến các nhà trường; đồng thời hàng năm, Bộ GD&ĐT nên tổ chức các hội thảo nhằm chia sẻ những kinh nghiệm hay, cách làm sáng tạo trong quá trình thực hiện VNEN để các địa phương cùng nhau chia sẻ, học tập.
