Năm 2016, Tổng Công ty CP Thành Trung là đơn vị trúng gói thầu thi công Tuyến nối Quốc lộ 1A (Đông Mỹ) đến KCN Hòa Hiệp - giai đoạn 1. Thực hiện hợp đồng giữa Ban quản lý Đầu tư hạ tầng Khu Kinh tế Phú Yên và Liên danh Tổng Công ty CP Thành Trung, Công ty CP Đường sắt Phú Khánh.
Để đẩy nhanh tiến độ thi công san lấp nền đường phục vụ các dự án, Tổng Công ty CP Thành Trung có đơn đề nghị UBND tỉnh Phú Yên cho phép đơn vị được khai thác đất tại khu vực xã Hòa Xuân Đông, huyện Đông Hòa.
Năm 2017, UBND tỉnh Phú Yên có văn bản số 3643 ngày 06/7/2017, giao Ban quản lý Khu Kinh tế Phú Yên tiếp tục tổ chức khai thác mỏ đất san lấp núi Cây Tra thôn Phú Khê 2, xã Hòa Xuân Đông với diện tích 5,5ha được UBND tỉnh cho phép. Tổng Công ty CP Thành Trung có trách nhiệm hoàn tất các thủ tục đối với mỏ đất này theo đúng quy định.
Chỉ cho phép khai thác đất để phục vụ san lấp công trình, nhưng thực tế Tổng Công ty CP Thành Trung khai thác luôn cả sỏi, đá, vận chuyển đất, đá, sỏi ra ngoài khu vực núi Cây Tra. Nghiêm trọng hơn, việc khai thác đất, đá ảnh hưởng đến cảnh quan thiên nhiên vốn có của núi Cây Tra, khiến khu vực núi màu xanh bạt ngàn xưa kia nay đã biến thành màu đất đỏ. Sườn núi sạt lở, nham nhở, tan hoang, đất đá kèm theo sỏi mùa mưa trút xuống nhà dân, đường đi vào khu dân cư, ảnh hưởng trực tiếp đời sống sinh hoạt của người dân.
UBND xã Hòa Xuân Đông có nhiều văn bản báo cáo gửi UBND huyện Đông Hòa. Trong đó phải kể đến văn bản số 193 ngày 05/10/2018 báo cáo tình trạng Tổng Công ty CP Thành Trung khai thác sỏi, tận thu đá hộc tại Mỏ Cây Tra để thực hiện Dự án Hạ tầng kỹ thuật khu tái định cư xã Hòa Tâm có nguy cơ xảy ra việc sạt lở, gây ra tràn bùn sỏi, đất đá tự dịch chuyển trong khu vực mỏ sỏi từ trên cao đổ xuống, sẽ dẫn đến nguy hiểm cho tính mạng, tài sản của trên 50 hộ dân xóm Hộ nằm ở phía Đông Nam mỏ và đất sản xuất nông nghiệp sẽ bị bồi lấp (xứ đồng Hóc Ao) nằm ở phía Tây Bắc của mỏ (trong năm 2017 diện tích bị sỏi bồi lấp trên 0,5ha).
Tiếp đến là báo cáo số 211 ngày 31/10/2018, kết quả kiểm tra việc gây sạt lở đất đá nguy hiểm đến các hộ dân sinh sống dưới chân núi và ảnh hưởng đến đất nông nghiệp bị bồi lấp tại xứ đồng Hóc Ao của Tổng Công ty CP Thành Trung đang khai thác tại mỏ núi Cây Tra. Qua kiểm tra xác định có 13 thửa đất nông nghiệp bị ảnh hưởng bồi lấp đất sỏi với diện tích thiệt hại là 14.000m2. Trên cơ sở kết quả kiểm tra thực địa, Phòng TN&MT huyện Đông Hòa, UBND xã Hòa Xuân Đông đề nghị Tổng Công ty CP Thành Trung phải có cam kết đảm bảo tính mạng và tài sản cho nhân dân tại khu vực khi có hiện tượng sạt lở đất đá. Công ty phải bồi thường hỗ trợ vụ lúa không sản xuất được của các hộ dân bị ảnh hưởng bồi lấp đất sỏi. Đồng thời, Công ty phải có biện pháp cải tạo, phục hồi môi trường các thửa đất nông nghiệp bị ảnh hưởng để nhân dân kịp thời đưa vào sản xuất.
Mới đây, là biên bản kiểm tra thực địa mỏ đất san lấp núi Cây Tra, thôn Phú Khê 2, xã Hòa Xuân Đông của Tổng Công ty CP Thành Trung, nêu rõ mỏ đất san lấp núi Cây Tra mới chỉ được UBND tỉnh Phú Yên cấp giấy phép thăm dò, phê duyệt trữ lượng và Công ty đang hoàn tất thủ tục môi trường. Tổng Công ty CP Thành Trung khai thác mỏ đất núi Cây Tra phục vụ mặt bằng các công trình: Dự án Hạ tầng khu tái định cư Hòa Tâm, Dự án Khu đô thị Nam thành phố Tuy Hòa, Dự án đường Quốc lộ 29, tuyến nối Đông Mỹ - KCN Hòa Hiệp; Dự án Khu dân cư Bắc Trần Phú, Dự án đấu nối QL1 (bên trái tuyến tại xã Hòa Thành).
Tại thời điểm kiểm tra, khu vực khai thác có 06 xe đào đang hoạt động, 03 máy khoan đá và khoảng 12 xe tải đang khai thác, vận chuyển đất, đá tảng ra khỏi khu vực mỏ. Vị trí khai thác nằm trong phạm vị diện tích 5,5ha được UBND tỉnh cho phép khai thác theo cơ chế đặc thù vừa khai thác vừa hoàn tất thủ tục.
Tuy nhiên, có 02 vị trí nằm ngoài 5,5ha: Vị trí 1 có diện tích khoảng 3000m2 (trong đó có khoảng 2000m2 nằm ngoài ranh giới phạm vi 20ha mỏ đất núi Cây Tra được cấp phép thăm dò). Vị trí 2 có diện tích 1.500m2 nằm ngoài diện tích 20ha. Hiện trạng một số vị trí các moong khai thác chưa đảm bảo an toàn, Công ty chưa có biện pháp san gạt, cắt tầng, hạ độ cao đưa khu vực khai thác về trạng thái an toàn, độ sâu khai thác trung bình khoảng 10m. Công ty chưa cắm mốc khu vực thăm dò (20ha) và diện tích khai thác 5,5ha theo quy định.
Như vậy, cho thấy đến thời điểm hiện tại Tổng Công ty CP Thành Trung chưa có Giấy phép khai thác khoáng sản chính thức, mà chỉ cho phép khai thác khoáng sản theo cơ chế đặc thù và Giấy phép thăm dò khoáng sản, nhưng đã gây hậu quả nặng nề đối với người dân thôn Phú Khê 2 đang sinh sống dưới chân núi Cây Tra. Mất đất sản xuất nông nghiệp, hàng ngày người dân phải sống chung với bụi, ô nhiễm môi trường, đối mặt với nguy hiểm đe dọa tính mạng, bởi không biết lúc nào tai họa ập đến gia đình mình, khi cơn lốc đá, đất, sỏi từ trên núi tràn xuống.