Nguyên nhân bị phạt là do Công ty đã thực hiện các hành vi vi phạm hành chính: Năm 2017, khai thác quặng I vượt công suất được phép khai thác hàng năm nêu trong Giấy phép khai thác khoáng sản từ 25% đến dưới 50%. Không có Giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường phục vụ giai đoạn vận hành theo quy định. Thực hiện không đúng, không đầy đủ về thông số, vị trí, tần suất giám sát đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường, đề án bảo vệ môi trường và các hồ sơ về môi trường tương đương của Bộ TN&MT, cụ thể không giám sát bồi lắng tại suối Ngòi Nhù, suối Khe Lếch; sạt lở bãi thải, giám sát dịch động bãi thải.
Tại công văn xử phạt yêu cầu Công ty Cổ phần Đầu tư Apatit Tam Đỉnh Lào Cai xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường theo quy định và yêu cầu công ty nghiêm túc thực hiện. Nếu sau 10 ngày công ty không thực hiện thì sẽ bị cưỡng chế thi hành. Đồng thời, giao Sở TN&MT Lào Cai kiểm tra, giám sát và tổ chức thực hiện. Các cơ quan chức năng như UBND huyện Văn Bàn, xã Sơn Thủy và xã Chiềng Ken cùng theo dõi giám sát và thực hiện.
Trước đó, Thanh tra tỉnh Lào Cai đã thanh tra đột xuất hoạt động khai thác, cung cấp và tiêu thụ quặng Apatit trên địa bàn tỉnh Lào Cai giai đoạn 1/1/2017 – 31/3/2018. Kết luận thanh tra chỉ ra, Công ty Apatit Tam Đỉnh Lào Cai chưa kê khai thuế tài nguyên môi trường đối với quặng Apatit loại III đã khai thác nhưng chưa tiêu thụ, chờ tuyển quặng, khối lượng là 413.566 tấn với số tiền thuế tài nguyên phải nộp là trên 11 tỷ đồng.
Được biết, Công ty Cổ phần Đầu tư Apatit Tam Đỉnh Lào Cai (số 182, đường Hoàng Liên, phường Cốc Lếu, thành phố Lào Cai), do ông Trần Việt Dũng làm Chủ tịch Hội đồng quản trị. Công ty hoạt động khai thác quặng Apatit theo giấy phép khai thác khoáng sản số 2853/GP-BTNMT ngày 05/11/2015 của Bộ TN&MT.