Tại thông báo số 443 ngày 20/9/2017 của Văn phòng Chính phủ, Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Trương Hòa Bình giao Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên tổ chức kiểm điểm rút kinh nghiệm, có hình thức xử lý thích hợp đối với các tập thể, cá nhân có liên quan đến các thiếu sót, khuyết điểm, sai phạm trong việc chấp hành pháp luật về quản lý đầu tư xây dựng tại một số dự án có chuyển mục đích sử dụng rừng và đất rừng tại tỉnh Phú Yên.
Sau khi UBND tỉnh Phú Yên tổ chức kiểm điểm tập thể, cá nhân thì có 19 tập thể kiểm điểm rút kinh nghiệm với 57 cá nhân có liên quan, trong đó có 7 cá nhân phải nhận hình thức kỷ luật khiển trách còn lại là kiểm điểm, rút kinh nghiệm. UBND tỉnh Phú Yên cũng đã tổ chức kiểm điểm tập thể lãnh đạo UBND tỉnh các nhiệm kỳ có liên quan. Hầu hết các thành viên dự họp kiểm điểm đều đồng tình với các thiếu sót, khuyết điểm, sai phạm theo báo cáo kết quả kiểm tra của Thanh tra Chính phủ.
Tuy nhiên với kết quả này, Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình yêu cầu kiểm điểm bổ sung trách nhiệm tập thể lãnh đạo tỉnh Phú Yên qua các thời kỳ đối với các vi phạm liên quan đến một số dự án có chuyển mục đích sử dụng rừng và đất rừng tại tỉnh Phú Yên. Được biết trong tuần giữa tháng 5/2018 UBND tỉnh Phú Yên tổ chức kiểm điểm trách nhiệm tập thể lãnh đạo UBND tỉnh Phú Yên qua các thời kỳ có khuyết điểm vi phạm trong vụ phá rừng để triển khai các dự án Hầm đường bộ Đèo Cả của Công ty CP Tập đoàn Hải Thạch, dự án Khu du lịch liên hợp cao cấp New City Việt Nam, dự án Chăn nuôi bò thịt chất lượng cao.
Theo báo cáo của Thanh tra Chính phủ về kiểm tra việc thực hiện dự án Khai thác khoáng sản, đất san lấp vật liệu xây dựng thông thường phục vụ thi công dự án Hầm đường bộ Đèo Cả của Công ty CP Tập đoàn Hải Thạch, Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình yêu cầu Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên nghiêm túc tổ chức thực hiện các kiến nghị của Thanh tra Chính phủ, khẩn trương khắc phục các vi phạm trong quá trình thực hiện dự án, bảo vệ môi trường, rừng đặc dụng, di tích lịch sử, văn hóa, danh lam thắng cảnh; kiểm điểm trách nhiệm và có hình thức xử lý kỷ luật nghiêm minh đối với các tổ chức, cá nhân có vi phạm theo đúng quy định pháp luật; chấn chỉnh, khắc phục xử lý những tồn tại, sai phạm để nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước trong lĩnh vực quản lý đầu tư xây dựng, quản lý sử dụng đất đai, nâng cao vai trò trách nhiệm các đơn vị chức năng trong tỉnh.
Phó Thủ tướng giao Thanh tra Chính phủ phối hợp với các Bộ Nông nghiệp-PTNT, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Xây dựng, các cơ quan chức năng thành lập Tổ công tác kiểm tra, xác minh việc chuyển mục đích sử dụng 16ha rừng đặc dụng Đèo Cả để thực hiện dự án Khai thác khoáng sản, đất san lấp vật liệu xây dựng thông thường phục vụ thi công dự án Hầm đường bộ Đèo Cả của Công ty CP Tập đoàn Hải Thạch kiến nghị Thủ tướng chính phủ biện pháp giải quyết theo quy định của pháp luật.
Dự án Khu du lịch liên hợp cao cấp New City Việt Nam tại TP. Tuy Hòa, Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình yêu cầu Thanh tra Chính phủ tiếp tục kiểm tra kết luận nêu rõ đúng, sai về việc gần 40 ha rừng phòng hộ bị triệt phá để triển khai thi công dự án. Đối với dự án này, Phó Thủ Tướng Chính phủ Trịnh Đình Dũng có công văn số 4047 ngày 4/5/2018 của Văn phòng Chính phủ yêu cầu UBND tỉnh Phú Yên báo cáo về dự án, trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
Dự án Chăn nuôi thịt bò chất lượng cao của Công ty CP chăn nuôi Thảo nguyên Phú Yên chuyển mục đích hàng trăm ha rừng ở hai tiểu khu 310 và 311 tại huyện Sông Hinh để làm dự án. Đối với dự án này, UBND tỉnh Phú Yên thống nhất cho phép Công ty CP chăn nuôi Thảo nguyên Phú Yên hoàn tất phương án trồng rừng thay thế với diện tích 270ha đã được khảo sát, phần diện tích còn lại 113,73ha công ty có trách nhiệm nộp tiền trồng rừng thay thế vào Quỹ phát triển rừng của tỉnh để thực hiện trồng rừng thay thế (ưu tiên trồng rừng với chức năng phòng hộ).
