Đến hết năm 2018, tổng số thu ngân sách thuế Tài nguyên: 267.657 triệu đồng (đạt 151,6% dự toán, 211% so cùng kỳ); tiền cấp quyền khai thác khoáng sản: 113.361 triệu đồng (đạt 161,9% dự toán, 140,2% so cùng kỳ); phí bảo vệ môi trường: 78.755 triệu đồng (bằng 154% so cùng kỳ năm trước). Số thu từ Thuế Tài nguyên và Tiền cấp quyền khai thác khoáng sản tăng so với cùng kỳ năm trước là do: Giá tính thuế Tài nguyên tăng; Thực hiện kiến nghị tăng thu của Kiểm toán nhà nước đối với doanh nghiệp khai thác khoáng sản trên địa bàn. Phối hợp với các ngành chức năng tăng cường công tác kiểm tra, kiểm soát các doanh nghiệp khai thác tài nguyên.
Tuy nhiên, hiện nay, trong quá trình truy thu thuế, phí khai thác khoáng sản, ngành thuế Hải Phòng đang gặp một số khó khăn, vướng mắc. Trong tổng số các doanh nghiệp được cấp phép mới chỉ có 21 doanh nghiệp hoạt động, có kê khai thuế, phí liên quan đến hoạt động khai thác khoáng sản. Các doanh nghiệp còn lại chưa hoàn thiện thủ tục để khai thác hoặc ngừng hoạt động. Một số doanh nghiệp được cấp phép khai thác, UBND TP Hải Phòng phê duyệt tiền cấp quyền khai thác khoáng sản. Tuy nhiên, doanh nghiệp chưa hoàn thiện thủ tục khai thác nên còn nợ đọng thuế, phí. Một số doanh nghiệp khai thác khoáng sản, nộp hồ sơ kê khai nộp thuế, phí nhưng không nộp, nợ đọng thuế, phí. Mặc dù cơ quan Thuế đã triển khai, áp dụng các biện pháp cưỡng chế nhưng không thu hồi được nợ do công ty có trụ sở chính tại địa bàn khác đã ngừng hoạt động. Do đó, Cục Thuế TP Hải Phòng chuyển hồ sơ sang cơ quan CSĐT, đến nay chưa có kết quả.
Theo đề nghị của Sở TN&MT TP Hải Phòng về việc trắc đạc đối với Công ty TNHH Vật liệu và Xây dựng Quyết Tiến, xác định sản lượng đã khai thác chưa kê khai nộp thuế, phí… Cơ quan thuế xác định số tiền truy thu đối với Công ty và đôn đốc doanh nghiệp nộp tiền vào ngân sách nhà nước (NSNN), đơn vị chỉ thực hiện nộp 4,5 tỷ/69,4 tỷ đồng, số còn lại đơn vị không chấp hành nộp NSNN do không chấp nhận sản lượng khai thác. Cục Thuế TP Hải Phòng đã chuyển Phòng cảnh sát kinh tế, Công an TP Hải Phòng. Ngày 26/8/2018, cơ quan CSĐT, Công an TP Hải Phòng ban hành Quyết định số 04/QĐ-PC03 Quyết định tạm đình chỉ việc giải quyết nguồn tin tội phạm đối với Công ty TNHH vật liệu và xây dựng Quyết Tiến do chưa có kết quả điều tra trưng cầu giám định khoáng sản tại Bộ TN&MT. Đến nay, Cục Thuế vẫn chưa nhận được kết quả chính thức từ cơ quản Cảnh sát điều tra, Công an TP Hải Phòng. Ngoài ra, Công ty xi măng Phúc Sơn có trụ sở chính và đăng ký thuế tại tỉnh Hải Dương, tại TP Hải Phòng chỉ có mỏ khai thác. Mới đây, Kiểm toán nhà nước xác định công ty này phải nộp 266,6 tỷ đồng các khoản thuế, phí. Tuy nhiên, Công ty không chấp nhận kết quả này. Hiện nay, Kiểm toán nhà nước có ý kiến chưa truy thu do có yếu tố đây là doanh nghiệp có vốn nước ngoài. Đồng thời, đơn vị chuyển hồ sơ tài liệu sang cơ quan công an để điều tra xử lý.