Nguyên nhân là do hồ sơ cấp giấy phép xả nước thải vào hệ thống công trình thuỷ lợi phải có 6 thành phần với những yêu cầu như: doanh nghiệp phải có giấy chứng nhận quyền sử dụng đất; kiểm định đánh giá chất lượng nước thải trước và sau xử lý ở các trung tâm kiểm định, phòng thí nghiệm cấp bộ trở lên. Thành phần hồ sơ cấp phép xả thải vào nguồn nước khác do Sở TN&MT thẩm định chỉ có 4, không bắt buộc doanh nghiệp phải có Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hay kiểm định nước thải ở trung tâm, phòng thí nghiệm cấp bộ. Số lượng doanh nghiệp đủ điều kiện được cấp giấy phép xả thải vào hệ thống thủy lợi gặp nhiều khó khăn. Hiện nay, công tác quản lý, thanh tra, kiểm tra về lĩnh vực xả thải đạt hiệu quả đạt thấp. Cụ thể, Sở NN&PTNT có chức năng cấp phép nhưng không có chức năng thanh tra, kiểm tra và xử lý trong trường hợp doanh nghiệp có hành vi vi phạm phát luật về bảo vệ môi trường. Sở TN&MT có chức năng thanh tra, kiểm tra và quản lý nhưng thiếu chức năng cấp phép. Do đó, công tác giám sát việc thực hiện quy định cấp giấy phép xả thải vào nguồn nước của doanh nghiệp chưa chặt chẽ.
Hiện nay, hiều đơn vị cùng thực hiện việc cấp giấy phép xả thải vào nguồn nước gây khó khăn cho công tác quản lý nhà nước. Ngành NN&PTNT quản lý, bảo vệ nguồn nước theo Luật Thủy lợi; ngành TN&MT theo Luật Tài nguyên nước. Mỗi ngành lại có trình tự, thủ tục hồ sơ cấp phép xả thải khác nhau. Điều này vô tình đã gây khó khăn cho doanh nghiệp và cơ quan quản lý nhà nước. Trước tình trạng trên, để khắc phục những bất cập, cần có sự thống nhất về đầu mối quản lý, cấp phép tài nguyên nước. Hiện nay, một số địa phương triển khai áp dụng giao Sở TN&MT quản lý thống nhất tài nguyên nước. Theo đó, ngành NN&PTNT là đối tượng được cấp phép khai thác, sử dụng nguồn tài nguyên nước.
Về lâu dài, để tạo cơ sở quản lý tổng hợp, bảo vệ bền vững tài nguyên nước, UBND TP Hải Phòng rà soát các văn bản quy phạm pháp luật hiện hành về tài nguyên nước đề xuất với Chính phủ, các bộ, ngành chỉnh sửa, bổ sung hoặc ban hành mới các văn bản thuộc thẩm quyền của HĐND, UBND thành phố. Đơn vị quản lý tài nguyên nước hoàn thiện hệ thống văn bản các quy định về việc quản lý và kiểm soát nước thải công nghiệp theo nguyên tắc người gây ô nhiễm phải khắc phục ô nhiễm, xây dựng hệ thống thông tin giám sát môi trường và ngân hàng dữ liệu môi trường theo hướng tích hợp thông tin.
Theo Nghị quyết 23/2013/NQ-HĐND của HĐND TP Hải Phòng, trong giai đoạn 2013-2015, thành phố có 50-70% lượng nước do doanh nghiệp xả thải được thu gom, không để xả trực tiếp ra các sông Rế, sông Giá, sông Đa Độ, sông Chanh Dương; kênh Hòn Ngọc, hệ thống trung thuỷ nông Tiên Lãng. Đến giai đoạn 2016-2020, thành phố sẽ xử lý dứt điểm 100% vi phạm pháp luật xả nước thải vào nguồn nước. Tuy nhiên, đến nay, thành phố mới có 33,8% số doanh nghiệp có giấy phép xả nước thải.
