Đến nay, có 20 tiểu hệ sinh thái (HST) thuộc 3 nhóm: trên cạn, thủy vực nội địa và HST thủy vực biển, đảo ven bờ được tập trung nghiên cứu với số lượng 6.177 loài sinh vật. Trong đó, xác định danh sách 85 loài động thực vật quý hiếm có trong Sách Đỏ Việt Nam (2007) và Danh mục các loài có nguy cơ bị đe dọa của tổ chức Bảo tồn Quốc tế IUCN (2011); 14 loài động, thực vật đặc hữu có giá trị kinh tế cao cần có những nghiên cứu chuyên sâu hơn để bảo tồn và phát triển nguồn lợi. Về lâu dài, Mục tiêu dài hạn của kế hoạch hành động là “Bảo tồn tính đa dạng sinh học, bao gồm các hệ sinh thái, loài, nguồn gen và các chức năng của chúng, phục vụ cho sự nghiệp phát triển bền vững, bảo vệ môi trường, ứng phó với biến đổi khí hậu và đảm bảo an ninh quốc phòng”. Đây là căn cứ pháp lý để thực thi các nhiệm vụ trước mắt, trung và dài hạn đối với công tác bảo tồn ĐDSH
Trong đó, công tác bảo tồn đa dạng sinh học tại Vườn Quốc gia Cát Bà có ý nghĩa rất quan trọng trong việc thực hiện Kế hoạch hành động tại TP Hải Phòng. Quần đảo Cát Bà có các giá trị toàn cầu về đa dạng sinh học. Năm 2014, Tổ chức Giáo dục, Khoa học, và Văn hóa Liên hiệp quốc UNESCO công nhận quần đảo Cát Bà là khu dự trữ sinh quyển thế giới. Hiện nay, các sức ép từ hoạt động phát triển vùng bờ, gia tăng hoạt động du lịch, tác động tiêu cực của biến đổi khí hậu… đe dọa các giá trị ĐDSH của quần đảo này. Một số dự án bảo tồn tiêu biểu: Dự án bảo tồn Voọc Cát Bà, bảo tồn đa dạng sinh học - Vườn Quốc gia Cát Bà, trồng rừng cây phù trợ, trồng rừng cây bản địa dưới tán cây phù trợ, phát triển các loại hình du lịch sinh thái bền vững, trồng phục hồi hệ sinh thái rạn san hô… Các dự án xây dựng bộ cơ sở dữ liệu về đa dạng sinh học phục vụ công tác quản lý của Vườn, giảm thiểu các nguy cơ mất đa dạng sinh học của quần đảo Cát Bà.
Vườn Quốc gia Cát Bà với vùng lõi gồm 365 hòn đảo, được UNESCO công nhận là 1 trong 9 khu dự trữ sinh quyển thế giới tại Việt Nam, với mức độ đa dạng sinh học cao, trong đó có nhiều loài động vật quý hiếm, đặc hữu, đặc biệt là loài Voọc Cát Bà. Chính vì vậy, vấn đề đặt ra là cần có những giải pháp hữu hiệu để bảo tồn và phát triển bền vững nguồn tài nguyên thiên nhiên qúy giá này. Năm 2014, UBND TP Hải Phòng ký Quyết định số 2501/QĐ-UBND về việc phê duyệt Quy hoạch bảo tồn và phát triển bền vững Vườn Quốc gia Cát Bà đến năm 2020, với tổng diện tích là 17.362,96 ha, trong đó diện tích phần đảo là 10.912,51 ha, diện tích phần biển là 6.450,45 ha. Trong những năm qua, VQG Cát Bà trồng mới trên 450 ha rừng các loại, khoanh nuôi xúc tiến tái sinh trên 1.000ha, xây dựng 2 khu vườn sưu tập các loài phong lan, hoàn thiện 13,5ha vườn thực vật… Qua đó, bảo tồn các giá trị đa dạng sinh học, môi trường sinh thái, cảnh quan, phát huy chức năng phòng hộ, chống xói mòn, rửa trôi, cải thiện nguồn nước, tạo hành lang di chuyển, mở rộng nơi trú ngụ cho động vật hoang dã, cải thiện đời sống người dân vùng lõi khu dự trữ sinh quyển. Để nâng cao nhận thức cho cộng đồng dân cư, giảm thiểu sức ép lên các hệ sinh thái rừng và biển, công tác tuyên truyền về các giá trị và sự cần thiết phải bảo vệ, gìn giữ môi trường VQG được triển khai đến du khách, người dân và các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực du lịch.
Theo các cơ quan chức năng, hiện nay, các vấn đề tồn tại trong công tác bảo tồn ĐDSH gồm: quy định pháp luật đến sự phối hợp liên ngành yếu và chồng chéo trách nhiệm. Nguồn lực bảo tồn ĐDSH mỏng và phân tán, ở địa phương, công tác bảo tồn ĐDSH hầu hết là kiêm nhiệm. Các cán bộ ít có trình độ chuyên môn phù hợp với nhiệm vụ được phân công. Chế tài, thanh tra, kiểm tra và xử lý vi phạm pháp luật về ĐDSH còn nhiều bất cập. Các giải pháp trước mắt, lâu dài đối với công tác bảo tồn ĐDSH TP Hải Phòng và Vườn Quốc gia Cát Bà: Khai thác hợp lý và bảo vệ tài nguyên thiên nhiên; Quản lý và bảo vệ môi trường; Ngăn ngừa và phòng tránh thiên tai và cuối cùng là bảo tồn tự nhiên.
