Kết luận thanh tra nêu rõ đối với việc quản lý, sử dụng vốn, tài sản tại ACV. Thì từ năm 2012 đến 2015, ACV đã sử dụng nguồn vốn trích trước sửa chữa lớn (SCL) để đầu tư xây mới dự án Dự án đường lăn E6 Cảng hàng không quốc tế Đà Nẵng với giá trị là 297.253 triệu đồng, do ACV sử dụng sai nguồn vốn để đầu tư nên phần chi phí SCL trích trước nêu trên không được tính là chi phí hợp lý để tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Vì vậy, ACV phải nộp bổ sung thuế TNDN với số tiền 62.674 triệu đồng. Đến 31/3/2016, ACV mới ghi tăng tài sản Dự án đường lăn E6 Cảng hàng không quốc tế Đà Nẵng với giá trị là 297.253 triệu đồng. Vì vậy, giá trị các tài sản của Nhà nước được loại ra khi xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa không đúng.
Về công tác quản lý, sử dụng đất đai thì đến thời điểm ACV chuyển sang hoạt động theo hình thức công ty cổ phần, Cảng vụ hàng không chưa hoàn thành thủ tục giao đất với diện tích 2.888,27 ha/2.888,27 ha đất (100%). ACV cũng chưa ký hợp đồng thuê đất trả tiền hàng năm với diện tích 197,30 ha/197,30 ha đất (100%), dẫn đến ACV thiếu cơ sở để nộp tiền thuê đất vào NSNN với số tiền 330.806 triệu đồng.
Được biết nguyên nhân chính là do Cảng vụ hàng không thiếu trách nhiệm, buông lỏng quản lý, chưa chủ động phối hợp với chính quyền địa phương để xác định ranh giới, tổ chức cắm và bảo vệ mốc giới, còn 11 Cảng hàng không chưa được chính quyền địa phương cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất với 7.225,1ha. Chưa làm thủ tục giao thuê đất đối với ACV số diện tích là 3.085,5 ha, không thực hiện thu, đôn đốc của ACV.
Chính vì lẽ đõ Cục Hàng không Việt Nam đã thiếu trách nhiệm kiểm tra, giám sát Cảng vụ hàng không trong việc thực hiện nhiệm vụ quản lý đất đai tại các cảng hàng không, sân bay và ACV.
Kết luận cũng chỉ ra rằng, ACV và một số chi nhánh Cảng hàng không cho thuê lại đất, góp vốn bằng quyền sử dụng đất sai mục đích, không đúng quy định của Nhà nước cho thuê đất với tổng diện tích 2,931 ha đất. Đồng thời, ACV chưa làm thủ tục thuê 1,924 ha đất đối với Nhà nước theo quy định khi chuyển sang hoạt động theo hình thức công ty cổ phần, dẫn đến chưa có cơ sở để nộp tiền thuê đất, chưa hoàn thành quyết toán cổ phần hóa.
Đáng chú ý, khi thực hiện đền bù, giải phóng mặt bằng 7,63 ha đất quốc phòng để mở rộng Cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất, Bộ Giao thông vận tải và Bộ Quốc phòng thực hiện việc thu hồi và giao đất không đúng chức năng, thẩm quyền theo quy định. Thực hiện tính tiền đền bù công trình trên đất với mức 100% suất đầu tư của Bộ Xây dựng làm tăng sai quy định giá trị thực tế công trình số tiền là 61.605 triệu đồng.
Đối với việc hoạt động sản xuất kinh doanh, Thanh tra đã phát hiện ACV ghi tăng giá trị tài sản khi chưa đủ điều kiện theo quy định, thiếu hóa đơn, chứng từ thực hiện trích khấu hao tài sản cố định không đúng quy định với số tiền là 70.413 triệu đồng, phải nộp bổ sung thuế thu nhập doanh nghiệp là 15.529,15 triệu đồng. Và trách nhiệm này thuộc về Tổng giám đốc ACV.
Từ năm 2007 đến tháng 12/2014, ACV đã thực hiện trích trước và trích vượt tiền thuê đất đối với các diện tích phải nộp tiền thuê đất cho Nhà nước, nhưng không nộp tiền thuê đất, không hoàn nhập kịp thời phần chênh lệch giữa số trích vượt và số tiền thuê đất thực phải nộp làm tăng chi phí sản xuất không đúng, dẫn đến phải nộp bổ sung vào NSNN với số tiền là 309.019 triệu đồng, trích Quỹ Đầu tư phát triển để lại ACV 132.436 triệu đồng. Trách nhiệm cũng thuộc về Tổng giám đốc ACV.
Đối với việc tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam không thực hiện đấu thầu theo quy định mà thực hiện chỉ định thầu cho thuê hầu hết mặt bằng để kinh doanh dịch vụ tại các Cảng hàng không từ năm 2010 (chỉ tính riêng năm 2014, 2015 ACV đã ký 803 hợp đồng với số tiền là 701.185 triệu đồng). Mặc dù vậy, Cảng vụ hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải buông lỏng quản lý, chưa thực hiện kiểm tra, xử lý kịp thời.
21 Chi nhánh Cảng hàng không đang thu tiền sử dụng sân bay đường dẫn nhà ga hàng không đối với ô tô đưa, đón trả khách là không đúng quy định của pháp luật...Kết luận thanh tra cũng nêu lên trách nhiệm của Bộ giao thông vận tải khi chưa ban các quy định hành thu phí nhượng quyền khai thác dịch vụ phi hàng không mà để ACV tự tổ chức thu..
Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra hàng loạt bất cập trong cơ chế, chính sách và công tác quản lý nhà nước trong hoạt động bay, quản lý xây dựng tại ACV. Đồng thời cũng kiến nghị đối với Bộ Giao thông vận tải và ACV, chỉ đạo và thực hiện việc xử lý trách nhiệm theo thẩm quyền đối với các cá nhân, đơn vị có liên quan đến sai phạm trong việc quản lý, sử dụng vốn, tài sản, cổ phần hóa, đầu tư xây dựng.
Phó Thủ tướng thường trực Trương Hòa Bình cũng đã đồng ý với nội dung kết luận của Thanh tra Chính phủ và đã có ý kiến chỉ đạo xử lý, làm rõ trách nhiệm đối với những sai phạm nêu trên.
