Hiện nay, Sở TN&MT Sơn La có 9 đầu mối trực thuộc Sở, 3 đầu mối trực thuộc chi cục (không bao gồm các đơn vị sự nghiệp). Trên thực tế, nhiều phòng chưa đạt số biên chế tối thiểu; mô hình chi cục thuộc Sở còn cồng kềnh, chồng chéo về chức năng, nhiệm vụ, các bộ phận hành chính tổ chức của Chi cục thừa, các phòng chuyên môn của Sở thiếu chuyên viên.
Do đó, sau khi kiện toàn sắp xếp lại tổ chức bộ máy, tỉnh Sơn La sẽ giải thể Chi cục Bảo vệ môi trường thành 1 phòng thuộc Sở là Phòng Quản lý môi trường. Giải thể Chi cục quản lý đất đai và sát nhập phòng Đo đạc bản đồ và viễn thám thành 2 phòng thuộc Sở: Phòng Đất đai – Đo đạc bản đồ và Phòng Định giá đất – Giải phóng mặt bằng. Sát nhập Phòng Tài chính Kế hoạch về Văn phòng Sở.
Sát nhập 3 phòng: Khoáng sản, Tài nguyên nước, KTTV&BĐKH thành Phòng tài nguyên nước, khoáng sản, KTTV. Chuyển chức năng tham mưu về BĐKH từ Phòng Khí tượng thủy văn và BĐKH sang Phòng Quản lý môi trường. Bổ sung biên chế cho Thanh tra để thực hiện chức năng thanh, kiểm tra về TN&MT trong tình hình hiện nay. Chuyển bộ phận hành chính tài vụ của Chi cục Bảo vệ môi trường sang Văn phòng Sở.
Như vậy, tổ chức bộ máy từ 9 đầu mối giảm xuống 6 đầu mối, giảm 2 chi cục, 3 phòng chuyên môn thuộc Sở và 3 đầu mối trực thuộc Chi cục. Các đầu mối đều đảm bảo từ 5 biên chế trở lên. Tổng biên chế đến năm 2021 là 43 biên chế công chức, và 3 lái xe lao động hợp đồng.
Được biết, tỉnh Sơn La sẽ thực hiện Đề án kiện toàn, sắp xếp tổ chức bộ máy, tinh gọn đầu mối bên trong với 20 sở, cơ quan ngang sở trên địa bàn tỉnh. Sau khi kiện toàn, sắp xếp, tổng số cơ quan chuyên môn trực thuộc UBND tỉnh là 19 sở, ban, ngành và 1 ban quản lý các KCN tỉnh. Tổ chức bộ máy đầu mối bên trong các cơ quan hành chính cấp tỉnh là 124 đầu mối trực thuộc Sở, giảm 32 đầu mối thuốc Sở, tăng 1 đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở (kiện toàn Trung tâm Lưu trữ lịch sử thành đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Nội vụ); giảm 44 phòng, đơn vị trực thuộc Chi cục. Biên chế công chức dự kiến giai đoạn 2019-2021 là 1.274 biên chế, giảm 221 biên chế so với năm 2015.