Trong lĩnh vực quản lý bảo vệ môi trường (BVMT) có nhiều chuyển biến tích cực, tình hình vi phạm pháp luật BVMT trên địa bàn tỉnh cơ bản được kiểm soát. Năm 2018 Sở TN&MT đã tổ chức kiểm tra, giám sát môi trường 50/100 cơ sở sau khi có quyết định phê duyệt báo cáo ĐTM và đề án BVMT; kiểm tra xử lý tình trạng ô nhiễm môi trường do chế biến tôm cá của các hộ dân xã Ngư Lộc, huyện Hậu Lộc; Việc ô nhiễm môi trường tuyến sông Âm đoạn chảy qua địa bàn các xã Quang Hiến, Giao An, huyện Lang Chánh và xã Vân Am, xã Phùng Giáo, huyện Ngọc Lặc; việc Nhà máy chế biến tinh bột sắn Phúc Thịnh xả nước thải chưa qua xử lý ra ngoài môi trường; ô nhiễm môi trường tại Hợp tác xã chế biến lâm sản Sông Mã và Công ty TNHH DVTM Đồng Tâm.
Qua kiểm tra đã kiến nghị xử lý các hành vi vi phạm về bảo vệ môi trường tại 11 đơn vị với số tiền 319,5 triệu đồng, đồng thời tham mưu cho UBND tỉnh đình chỉ hoạt động sản xuất đối với Hợp tác xã chế biến lâm sản Sông Mã; Công ty TNHH DVTM Đồng Tâm. Sở phối hợp với UBND các huyện Yên Định, Cẩm Thủy và UBND các xã Yên Lâm, Cẩm Tâm, Cẩm Vân và Công ty Nicotex Thanh Thái lập kế hoạch khai đào 03 vị trí nghi ngờ có chôn lấp thuốc bảo vệ thực vật trái phép và khảo sát, đánh giá mức độ ô nhiễm Asen trong đất thuộc khuôn viên công ty.
Tổ chức 81 hội đồng thẩm định báo cáo ĐTM và đề án cải tạo phục hồi môi trường, đề án cải tạo môi trường bổ sung các dự án đầu tư; Cấp sở đăng ký chủ nguồn thải CTNH cho 07 đơn vị. Đôn đốc 134 đơn vị khai thác khoáng sản ký quỹ cải tạo phục hồi môi trường với tổng số tiền 4 tỷ đồng, thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp 142 đơn vị, số tiền 3,1 tỷ đồng.
Đối với lĩnh vực khoáng sản, Sở TN&MT đã tập trung chỉ đạo quyết liệt, ngăn chặn và chấn chỉnh kịp thời hoạt động khai thác khoáng sản trái phép; hoạt động kinh doanh, lập bến bãi tập kết cát sỏi lòng sông. Sở đã tham mưu trình Chủ tịch UBND tỉnh ban hành Quyết định số 477/QĐ-UBND ngày 5/2/2018 về phê duyệt khu vực cấm, tạm thời cấm hoạt động khoáng sản trên địa bàn tỉnh; Đề cương dự án khoanh định khu vực không đấu giá quyền khai thác khoáng sản. Trong năm 2018 Sở đã trình UBND tỉnh cấp 32 giấy phép thăm dò khoáng sản, 28 giấy phép khai thác, phê duyệt 21 báo cáo thăm dò khoáng sản, thu hồi, đóng cửa 31 mỏ; tính tiền cấp quyền khai thác khoáng sản 28 mỏ, số tiền phải nộp năm 2018 là 12,2 tỷ đồng.
Kiểm tra, xử lý hoạt động khai thác khoáng sản trái phép ở các huyện như: Thọ Xuân, Thiệu Hóa, Thường Xuân, Quan Hóa, Vĩnh Lộc, Yên Định, Tĩnh Gia, Quan Sơn, Hà Trung, Như Thanh, Thạch Thành, Ngọc Lặc và TP Thanh hóa. Kết quả kiểm tra, Sở đã có văn bản báo cáo tỉnh, đồng thời yêu cầu các huyện, xã tổ chức kiểm điểm đối với tổ chức, cá nhân để xảy ra sai phạm, có biện pháp xử lý, tăng cường quản lý, ngăn chặn các hoạt động khai thác khoáng sản trái phép.
Công tác thanh tra, kiểm tra việc chấp hành pháp luật về tài nguyên và môi trường tiếp tục được tập trung chỉ đạo, tăng cường thực hiện đối với các cơ sở sản xuất giấy và bột giấy trên địa bàn các huyện Quan Hóa, Bá Thước…Qua thanh tra đã ban hành 19 quyết định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực tài nguyên khoáng sản, BVMT với số tiền 643,5 triệu đồng.
Nhằm quản lý tốt các hoạt động về tài nguyên khoáng sản và BVMT. Sở tiếp tục tăng cường công tác kiểm tra đột xuất nhằm ngăn chặn, xử lý kịp thời các hoạt động khai thác khoáng sản trái phép, chấn chỉnh các đơn vị được cấp phép thực hiện việc khai thác theo đúng thiết kế mỏ được duyệt. Đẩy mạnh công tác tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về tài nguyên môi trường đến các cấp chính quyền, các tổ chức, doanh nghiệp, người dân nhằm nâng cáo ý thức chấp hành pháp luật, bảo vệ tài nguyên và môi trường góp phần phát triển bền vững.