Theo đó, Đoàn thanh tra đã tiến hành thanh tra Phòng TN&MT, Chi nhánh Văn phòng Đăng ký đất đai 11/12 huyện, thành phố để kiểm tra tính đúng đắn, đầy đủ của các giấy tờ chứng minh thuộc đối tượng miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất trong hồ sơ cấp GCNQSDĐ cho các đối tượng thuộc chính sách miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất. Kiểm tra việc tham mưu cho UBND huyện, thành phố ký GCNQSDĐ cho đối tượng miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất và việc gửi số liệu địa chính đến cơ quan thuế để xác định và quyết định số tiền được miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất. Thanh tra Chi cục Thuế huyện, thành phố trong việc áp dụng các quy định của pháp luật thực hiện việc miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất.
Kết luận thanh tra cho thấy: Trong giai đoạn 2010-2017, trên địa bàn các huyện, thành phố đã thực hiện chính sách miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất khi cấp GCNQSDĐ ở cho 19.351 hồ sơ của các đối tượng được áp dụng chính sách miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất.
Trong đó, 13.842 hồ sơ thuộc đối tượng miễn tiền sử dụng đất; 3.558 hồ sơ thuộc đối tượng giảm tiền sử dụng đất; 1.511 hồ sơ thuộc đối tượng ghi nợ tiền sử dụng đất; 440 hồ sơ chuyển Chi cục Thuế để xác định việc miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất.
Số tiền sử dụng đất được miễn là hơn 95 tỷ đồng; số tiền sử dụng đất được giảm là hơn 17 tỷ đồng. Số tiền còn phải nộp sau khi được giảm là hơn 16 tỷ đồng, số tiền ghi nợ tiền sử dụng đất hơn 22 tỷ đồng.
Nhìn chung, các đơn vị có liên quan đã tích cực thực hiện việc cấp GCNQSDĐ cho các đối tượng thuộc đối tượng áp dụng chính sách miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất. Tuy nhiên, tại một số Phòng TN&MT còn mắc các lỗi gồm: Không chuyển hồ sơ đã xác định được đối tượng miễn, giảm tiền sử dụng đất sang Chi cục Thuế huyện để xác định nghĩa vụ tài chính theo quy định. Trình UBND huyện ký GCNQSDĐ và chuyển Chi nhánh văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất để trao cho các đối tượng khi hồ sơ không được chuyển sang Chi cục Thuế để xác định nghĩa vụ tài chính. Chưa kịp thời phát hiện các hồ sơ do Chi nhánh Văn phòng đăng ký đất đai chuyển đến phòng TN&MT thẩm định còn thiếu các giấy tờ có liên quan…
Tại các Chi nhánh Văn phòng Đăng ký đất đai các huyện, thành phố còn tình trạng không chuyển hồ sơ đã xác định được đối tượng miễn, giảm tiền sử dụng đất sang Chi cục Thuế huyện để xác định nghĩa vụ tài chính; Chưa chuyển hồ sơ ghi nợ tiền sử dụng đất cho Chi cục Thuế để lập sổ theo dõi nợ và thanh toán nợ tiền sử dụng đất theo quy định. Trao GCNQSDĐ cho đối tượng miễn, giảm tiền sử dụng đất khi hồ sơ chưa được Chi cục Thuế huyện xác nghĩa vụ tài chính. Lập Phiếu chuyển thông tin xác định nghĩa vụ tài chính sang cơ quan thuế đã xác định việc miễn, giảm vào Phiếu chuyển thông tin khi không có đơn đề nghị miễn, giảm tiền sử dụng đất… Hồ sơ miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất còn thiếu các giấy tờ có liên quan như: Thiếu biên bản kiểm tra xác minh nguồn gốc đất, tình trạng đất, thiếu Trích lục bản đồ địa chính hoặc trích đo địa chính thửa đất ở (hay sơ đồ thửa đất), thiếu sổ hộ khẩu, chứng minh thư nhân dân, sai sót thông tin trong hồ sơ cấp GCNQSDĐ cho các hộ…
Tại Chi cục Thuế các huyện, thành phố, còn tình trạng xác định sai đối tượng miễn, giảm tiền sử dụng đất; xác định sai số tiền phải nộp. Thực hiện việc miễn, giảm tiền sử dụng chưa đảm bảo theo nguyên tắc thực hiện miễn, giảm tiền sử dụng đất được quy định…
Các tồn tại, hạn chế nêu trên trách nhiệm thuộc về tập thể, người đứng đầu các đơn vị thuộc đối tượng thanh tra trong thời kỳ từ 2010-2017. Do thời kỳ thanh tra diễn ra trong thời gian dài, nhiều người có liên quan đã nghỉ hưu, chuyển công tác… nên việc xác định trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân khi thực hiện chính sách miễm, giảm tiền sử dụng đất trong cấp GCNQSDĐ ở cho các hộ gia đình, cá nhân là hết sức khó khăn, vì vậy việc kiểm điểm đối với tập thể, cá nhân có liên quan đến các tồn tại, hạn chế được giao lại cho các đơn vị, người đứng đầu các cơ quan thuộc đối tượng thanh tra chỉ đạo việc kiểm điểm và báo cáo kết quả về Thanh tra tỉnh.
Trong thời gian tới, Thanh tra tỉnh Sơn La yêu cầu Chủ tịch UBND các huyện, thành phố có sai phạm chỉ đạo Phòng TN&MT, phối hợp với Chi nhánh Văn phòng đăng ký đất đai kịp thời khắc phục vi phạm. Thời gian hoàn thành, báo cáo kết quả về Thanh tra tỉnh trước ngày 31/8/2018 với các huyện Vân Hồ, Yên Châu, Mai Sơn, Thành phố Sơn La; trước ngày 31/10/2018 với các huyện Sốp Cộp, Bắc Yên, Mường La, Quỳnh Nhai, Sông Mã.
Đồng thời, kiến nghị Sở TN&MT tăng cường hướng dẫn, kiểm tra chuyên môn, nghiệp vụ quản lý nhà nước về tài nguyên và môi trường đối với các phòng TN&MT. Đặc biệt là kiểm tra việc lập hồ sơ cấp GCNQSDĐ lần đầu, việc thực hiện quy định về miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất khi cấp GCNQSDĐ.
Tăng cường thanh, kiểm tra việc thực hiện các quy định của pháp luật về trình tự, thủ tục tiếp nhận, luân chuyển hồ sơ xác định nghĩa vụ tài chính về đất đai của người sử dụng đất được quy định tại Thông tư liên tịch sô 88/2016/TTLT/BTC-BTNMT ngày 22/6/2016 của Bộ Tài chính, Bộ TN&MT.
Văn phòng Đăng ký Đất đai chỉ đạo Chi nhánh Văn phòng đăng ký đất đai các huyện, thành phố nghiêm túc thực hiện việc khắc phục các tồn tại, hạn chế trong thực hiện miễn, giảm, ghi nợ tiền sử dụng đất khi thực hiện cấp GCNQSDĐ giai đoạn 2010-2017 trên địa bàn tỉnh. Phối hợp với các Chi cục Thuế huyện, thành phố nghiêm túc thực hiện đúng quy định về trình tự, thủ tục tiếp nhận, luân chuyển hồ sơ xác định nghĩa vụ tài chính về đất đai của người sử dụng đất theo quy định.