Dự án bãi rác thị xã Quảng Trị được UBND tỉnh phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường tại Quyết định số 1774/QĐ-UBND ngày 29/8/2011. Dự án đã đi vào vận hành vào năm 2011. Tuy nhiên, trong quá trình hoạt động, dự án vẫn còn tồn tại một số vấn đề trong quá trình chấp hành pháp luật về lĩnh vực môi trường, cụ thể: Dự án đã đi vào hoạt động từ năm 2011 nhưng đến nay vẫn chưa được xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường. Hiệu quả của hệ thống xử lý nước thải không đảm bảo, kết quả quan trắc nước thải sau xử lý qua các năm 2017, 2018 có một số chỉ tiêu vượt quy chuẩn môi trường…
Để đảm bảo quá trình vận hành dự án bãi rác thị xã Quảng Trị đảm bảo các yêu cầu về bảo vệ môi trường, Sở TN&MT Quảng Trị đã yêu cầu Công ty Cổ phần Công trình Môi trường và Đô thị Quảng Trị thực hiện đúng quy trình vận hành bãi chôn lấp chất thải rắn. Kiểm tra, duy tu, cải tạo hệ thống xử lý nước thải đảm bảo xử lý nước thải đạt quy chuẩn môi trường. Nồng độ tối đa cho phép của các thông số ô nhiễm của nước rác sau khi xử lý phải đảm bảo theo quy định tại QCVN 25:2009/BTNMT - Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước thải của bãi chôn lấp chất thải rắn.
Kiểm tra, duy tu, bảo trì và nạo vét định kỳ hệ thống thoát nước và nước mưa bãi chôn lấp, đảm bảo nước mặt không tràn vào bãi chôn lấp chưa được tiến hành phủ lớp cuối cùng. Thực hiện chương trình quan trắc môi trường theo nội dung của báo cáo đánh giá tác động môi trường, định kỳ tối thiểu 6 tháng/lần báo cáo kết quả quan trắc về Sở TN&MT. Lập báo cáo đề nghị xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường theo đúng quy định. Trong quá trình thực hiện, nếu dự án có những thay đổi so với báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được phê duyệt, Công ty phải có văn bản báo cáo UBND tỉnh và chỉ được thực hiện những thay đổi sau khi có chấp thuận của UBND tỉnh Quảng Trị.
Sở TN&MT Quảng Trị cũng đề nghị trước 30/6/2019, Công ty Cổ phần Công trình Môi trường và Đô thị Quảng Trị phải báo cáo kết quả thực hiện hoạt động khắc phục những tồn tại trong quá trình vận hành dự án Bãi rác thị xã Quảng Trị về Sở TN&MT để tổng hợp, báo cáo UBND tỉnh.