Dự án do Chính phủ Nhật Bản viện trợ không hoàn lại do Cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) thực hiện với tổng giá trị 1,11 tỷ Yên, còn lại do TP. Hội An đối ứng. Đến nay, JICA đã thực hiện hợp phần xây dựng công trình trạm xử lý nước thải (công suất xử lý 2.000 m3/ngày/đêm), cải tạo tuyến kênh thoát nước xung quanh chùa Cầu (dài khoảng 1,68 km), ngoài ra sau khi bàn giao sẽ đào tạo vận hành trạm xử lý nước thải cho tới tháng 4/2019.
Do áp dụng công nghệ xử lý nước thải lọc nhỏ giọt cải tiến của doanh nghiệp Nhật Bản nên công trình sử dụng ít năng lượng, chất lượng nước sau xử lý ổn định, chi phí vận hành và bảo trì thấp.
Bên cạnh cải thiện chất lượng nước và cảnh quan xung quanh khu vực chùa Cầu, cải thiện môi trường vệ sinh đô thị, bảo vệ di tích thắng cảnh của thành phố Hội An, dự án còn góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế khu vực.
Được xem là biểu tượng của TP. Hội An, tỉnh Quảng Nam nhưng từ nhiều năm nay nước ở con kênh dưới chân di sản Chùa Cầu trở nên đen ngòm, bốc mùi hôi thối không chịu nổi. Du khách thưởng ngoạn trên Chùa Cầu thi thoảng lại phải đưa tay bịt mũi. Trong khi đó, người dân sống dọc con kênh này cũng chịu cảnh tương tự từ nhiều năm nay. Một cuộc khảo sát mới đây của các chuyên gia Viện Công nghệ môi trường (Viện Khoa học và công nghệ Việt Nam) cho thấy, nồng độ một số chất đo được tại vài điểm quanh khu vực Chùa Cầu đã vượt giới hạn quy định.
Nguyên nhân là do nước thải từ hàng ngàn hộ dân, nhà hàng, khách sạn, các cơ sở sản xuất, kinh doanh của các phường Minh An, Cẩm Phô, Tân An xả thẳng ra dòng kênh Chùa Cầu. Mặc dù, chính quyền địa phương đã tìm nhiều giải pháp để hạn chế tình trạng ô nhiễm như bơm nước từ sông Hoài vào ống ngầm đưa lên phía đầu con kênh để đẩy nước bẩn chảy ra sông, nạo vét lòng kênh… thế nhưng, ô nhiễm vẫn đâu lại vào đấy ảnh hưởng lớn đến hoạt động tham quan, du lịch tại di tích chùa Cầu nói riêng và khu vực trung tâm phố cổ nói chung. Thành phố từng có dự án xử lý nước thải do Pháp tài trợ nhưng không đấu nối với khu vực Chùa Cầu, dẫn đến tình trạng nơi đây vẫn bị ô nhiễm cục bộ.
Năm 2017, Hội An được UNESCO công nhận đã được bình chọn là một trong 25 điểm đến hàng đầu trên thế giới theo trang web du lịch TripAdvisor. Mới đây, đô thị cổ bên sông Hoài này cũng được độc giả của tạp chí Travel & Leisure bình chọn là một trong số những thành phố du lịch tuyệt vời nhất châu Á.