Các cơ sở này đã áp dụng hình thức phân loại CTNH ngay tại nơi phát sinh, sau đó cho thu gom và xử lý bằng phương pháp chôn lấp dưới bể bê tông hoặc sử dụng lò đốt. Hiện tỉnh Điện Biên đã trang bị được 12 lò đốt chất thải y tế nguy hại cho 3 bệnh viện tuyến tỉnh và 6 bệnh viện tuyến huyện. 3 cơ sở y tế tuyến huyện còn lại của huyện Nậm Pồ, Điện Biên Đông và T.X Mường Lay đang hoàn thiện thủ tục lắp đặt mới lò đốt trong thời gian tới.
Tuy nhiên, tại một số cơ sở y tế lò đốt CTNH do đưa vào sử dụng đã khá lâu nên hoạt động kém hiệu quả, xuất hiện khói bụi trong quá trình xử lý, ảnh hưởng đến môi trường. Còn đối với các cơ sở đang áp dụng phương pháp chôn lấp thì lại bị hạn chế về quỹ đất xây bể bê tông.
Trước thực trạng đó, năm 2016 Điện Biên được hưởng nguồn vốn vay ngân hàng Thế giới (WB), đầu tư hệ thống xử lý rác thải rắn y tế theo phương pháp mới, xử lý bằng hệ thống hấp ở nhiệt độ cao kết hợp cắt nghiền sau tiệt trùng để trở thành rác thải thông thường, với tổng mức đầu tư hơn 13 tỷ đồng. Công suất 1 lần vận hành của hệ thống có thể xử lý được từ 40 – 60 kg chất thải rắn y tế nguy hại. Trong quá trình hoạt động hệ thống công nghệ hoàn toàn không xuất hiện khói bụi, đảm bảo vệ sinh, an toàn môi trường cộng đồng.
Hiện nay, UBND tỉnh Điện Biên đã có chủ trương giao Bệnh viên Đa khoa tỉnh làm đơn vị chủ trì thực hiện công tác xử lý chất thải rắn y tế nguy hại theo mô hình cụm trên địa bàn T.P Điện Biên Phủ. Đối với cơ sở y tế tuyến huyện, lượng phát sinh rác thải nguy hại thấp hơn nên giải pháp trước mắt sẽ tiếp tục sử dụng phương pháp chôn lấp, lò đốt và đầu tư xây lắp mới thêm các lò đốt cho các cơ sở y tế còn thiếu hụt.