Tại Quyết định số 666, ngày 14/9/2009, UBND tỉnh Bình Định quyết định cho Công ty CP Tân Cảng Quy Nhơn thuê 121.560m2 (trong đó12.761m2 đất và108.798m2 mặt nước), mục đích để sản xuất kinh doanh, xây dựng cảng container 30.000 DWT. Doanh nghiệp sẽ phải trả tiền thuê đất hàng năm, thời hạn thuê đất 50 năm, dự án chia thành 2 giai đoạn.
Dự án xây dựng cảng container 30.000DWT nằm trong tổng thể mặt bằng Cảng Quy Nhơn do Công ty CP Tân Cảng Quy Nhơn làm chủ đầu tư, được Bộ Giao thông - Vận tải có văn bản chấp thuận bổ sung vào quy hoạch Cảng biển Quy Nhơn - Bình Định, Cục Hàng hải Việt Nam chính thức có văn bản thỏa thuận và được UBND tỉnh Bình Định phê duyệt tại Quyết định số 534ngày 9/3/2009
Theo báo cáo của Sở TN&MT Bình Định, trên phần diện tích 108.798,5m² mặt nước, giai đoạn 1 Công ty CP Tân Cảng xây dựng hoàn chỉnh và đưa vào sử dụng các hạng mục cầu tàu, kè sau cầu, đường kết nối phục vụ khai thác và san lấp tạo bãi 4ha. Giai đoạn 2 đối với diện tích 7ha mặt nước công ty chưa thực hiện, hiện tàu thuyền ngư dân đang neo đậu.
Trong quá trình sửa chữa bãi container của Cảng Quy Nhơn, Công ty CP Tân cảng Quy Nhơn tận dụng đá, xà bần thải ra đổ san lấp 150m² trên phần diện tích 7ha mặt nước chưa thực hiện. Khoảng cách từ vị trí đổ đá, xà bần tính tới mép ngoài luồng tàu khoảng hơn 200m, do đó chưa ảnh hưởng đến dòng chảy, chưa gây mắc cạn tàu thuyền qua lại. Nhưng cũng dự báo nếu giai đoạn 2 tiếp tục thi công thì chiều rộng của luồng tàu chỉ còn 100m, không đảm bảo tàu thuyền ra vào.
Ông Đào Xuân Thiện - Giám đốc Ban Quản lý Cảng cá Bình Định lo lắng: “Nếu giai đoạn 2 của dự án tiếp diễn, tàu cá cập cảng sẽ không thể neo đậu, thì việc mua bán hải sản, chuẩn bị hậu cần đánh bắt không thể diễn ra. Cùng đó tàu vỏ thép đều có chiều dài ít nhất là 30m, theo nguyên lý, khi chiếc tàu dài 30m quay trở sẽ chiếm diện tích mặt nước gấp 2,5 lần chiều dài con tàu thì còn đâu chỗ cho tàu khác ra vào. Điều đáng ngại tới mùa mưa bão, lượng tàu vào neo đậu tại Cảng cá Quy Nhơn lớn, trong khi Bình Định chỉ có mỗi Cảng cá Quy Nhơn là đủ độ sâu có thể tiếp nhận tàu cá vỏ thép và đội tàu gỗ đánh bắt xa bờ công suất lớn của ngư dân”.
Trước sự việc trên, UBND tỉnh Bình Định đã có văn bản yêu cầu Công ty CP Tân Cảng Quy Nhơn tạm dừng việc đổ đá, xà bần trên diện tích 0,7 ha đất mặt nước chưa sử dụng (trong tổng diện tích đã được UBND tỉnh cho công ty này thuê tại Quyết định số 666/QĐ-UBND, ngày 14/9/2009); giao Sở Xây dựng chủ trì, phối hợp với các sở, ngành liên quan và UBND thành phố Quy Nhơn rà soát lại quy hoạch mặt bằng sử dụng đất của Công ty CP Tân Cảng Quy Nhơn cho phù hợp với thực tế, báo cáo đề xuất UBND tỉnh trong tháng 4/2018; giao Sở TN&MT có văn bản trả lời các cơ quan truyền thông liên quan về kết quả kiểm tra.