Lý do Công ty Cửu Long 39 bị xử phạt là vì đã thực hiện hành vi khai thác khoáng sản (cát) trên sông Hậu thuộc địa bàn tỉnh Sóc Trăng mà không có giấy phép khai thác của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền. Bên cạnh hình thức xử phạt chính bằng tiền, UBND tỉnh Sóc Trăng còn áp dụng hình thức xử phạt bổ sung là tịch thu 02 phương tiện vận tải, gồm: sà lan số LA-06418 và sà lan số HGi-7777 được sử dụng để vi phạm hành chính.
Cũng theo Quyết định này, UBND tỉnh Sóc Trăng trả lại 02 sà lan cho chủ phương tiện nhưng buộc Công ty Cửu Long 39 phải nộp một khoản tiền hơn 2,9 tỉ đồng (giá trị tương đương của 02 phương tiện sà lan đã được quy đổi thành tiền) vào ngân sách Nhà nước. Cùng với đó, buộc Công ty Cửu Long 39 phải thực hiện các giải pháp cải tạo, phục hồi môi trường khu vực đã khai thác và đưa khu vực khai thác về trạng thái an toàn.
Ngoài trường hợp vi phạm này, từ đầu năm 2019 đến nay, Thanh tra Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Sóc Trăng cũng đã kiểm tra, phát hiện, lập biên bản và ra Quyết định xử phạt 03 cá nhân, tổ chức với tổng số tiền hơn 57 triệu đồng vì đã có hành vi khai thác khoáng sản (cát) trên các tuyến sông thuộc địa bàn huyện Kế Sách, huyện Long Phú (tỉnh Sóc Trăng) mà không có giấy phép khai thác của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền.