Trong quá trình xem xét và phê duyệt, lãnh đạo tỉnh Quảng Ngãi phát hiện một văn bản "lạ" từ Sở TN&MT tỉnh, đó là xin phép cấp giấy phép khai thác cát (tại thôn 6, xã Nghĩa Dũng, TP. Quảng Ngãi) cho doanh nghiệp làm vật liệu xây dựng 3 dự án, công trình: Trung tâm Hành chính công Quảng Ngãi, Tuyến đường D7-Trung tâm huyện Sơn Tịnh và công trình lát đá Granite vỉa hè và đặt trụ điện đường Hùng Vương, TP. Quảng Ngãi. Trong khi các công trình này đã hoàn thành và đưa vào sử dụng.
Trước sự việc này, ngày 3/1/2019, chính quyền tỉnh có văn bản số 12/UBND-NNTN, do ông Nguyễn Tăng Bính - Phó chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi ký, yêu cầu Sở TN&MT giải trình và báo cáo cho tỉnh trước ngày 15/1/2019.
Ngoài ra tại văn bản trên, chính quyền Quảng Ngãi cũng đã yêu cầu sở này giải trình và báo cáo việc tham mưu cấp phép khai thác cát cho một số doanh nghiệp trong thời gian "cấm" hàng năm (từ 1/10-30/12), có đảm bảo an toàn cho các công trình 2 bên bờ sông và vùng lân cận.