Theo báo cáo của UBND tỉnh Ninh Bình, tại các khu vực giáp ranh các hoạt động vận tải thủy, khai thác thủy hải sản vẫn diễn ra bình thường, không có các hoạt động vi phạm trong giao thông đường thủy hoặc khai thác tài nguyên, gây ô nhiễm môi trường biển… Tại khu vực biển thuộc phạm vi quản lý của tỉnh Ninh Bình, không có các hoạt động gây mất an toàn hàng hải, khai thác cát sỏi hoặc các hoạt động gây ô nhiễm môi trường biển, không có các hoạt động gây mất an ninh trật tự hoặc các vi phạm trong hoạt động nuôi trồng thủy sản hải sản ven bờ.
Hoạt động kiểm soát ô nhiễm môi trường nước biển được tiến hành định kỳ 6 tháng/lần tại 6 vị trí để phân tích bao gồm 18 thông số: pH, độ muối, độ đục, NO3-, asen, cadimi, chì, thủy ngân… Các kết quả quan trắc, phân tích hàng năm cho thấy chất lượng nước biển ven bờ biển Ninh Bình không có biến động lớn trừ các chỉ số dầu mỡ có biến động (chỉ số tại các điểm năm 2017 lớn hơn so với năm 2018).
Tuy nhiên, tại khu vực ven bờ của cửa sông Đáy, đê Bình Minh III vẫn còn tồn tại nhiều rác thải trôi dạt, đặc biệt là khu vực xung quanh đảo Cồn Nổi; trong đó có nhiều loại chất thải nhựa khó phân hủy về lâu dài sẽ là hiểm họa của ô nhiễm môi trường biển. Do đó, cần phải có biện pháp để kiểm soát các chất thải từ đất liền và thu gom rác thải tại khu vực bãi đê, bãi bồi, rừng ngập mặn…
Trong những năm qua, các lực lượng Bộ đội biên phòng, Cảnh sát biển, Công an tỉnh đã tích cực phối hợp trong việc phát triển, xử lý, giải quyết các trường hợp vi phạm, mâu thuẫn trong việc khai thác, nuôi trồng thủy hải sản trên phạm vi vùng biển quản lý. Luôn bố trí người và phương tiện ứng trực sẵn sàng cho các hoạt động tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn. Các hoạt động diễn tập cho người dân về ứng phó thiên tai, tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn để giảm nhẹ thiên tai khi có sự việc xảy ra được tổ chức thường xuyên, định kỳ.
Luôn bố trí cán bộ ứng trực sẵn sàng thực hiện nhiệm vụ theo quy định, các phương tiện, nhiên liệu, vật liệu phục vụ cho công tác tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn và bảo vệ an ninh trật tự, an toàn tại khu vực biển Kim Sơn được đảm bảo. Công tác an ninh trật tự, an toàn tại khu vực và các công tác chuẩn bị sẵn sàng cho các hoạt động tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn.
Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác quản lý nhà nước về khai thác, sử dụng tài nguyên, bảo vệ môi trường biển, đảo vẫn còn một số tồn tại cần khắc phục như: Công tác đo đạc, xác định chủ sử dụng đất, giao đất cho các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân để sản xuất, kinh doanh chưa thực hiện được. Thiếu quy hoạch tổng hợp dài hạn về sử dụng tài nguyên và không gian, quy hoạch các ngành, lĩnh vực dẫn đến thiếu sự hài hòa giữa các mục tiêu sử dụng đất ven biển. Thiếu cơ chế, quy định phối hợp giữa các cơ quan. Trong công tác quản lý còn có sự chồng chéo, hiệu lực, hiệu quả còn thấp.
Ngoài ra, tình trạng tuân thủ và chấp hành pháp luật của các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp, cộng đồng dân cư đối với Luật Bảo vệ môi trường, Luật Thủy sản, Luật Đa dạng sinh học còn chưa cao. Tình trạng ô nhiễm môi trường, đặc biệt là rác thải trôi dạt vào khu vực ven bờ cửa sông Đáy, đê Bình Minh III, khu vực xung quanh đảo Cồn Nổi còn nhiều, đặc biệt là rác thải nhựa khó phân hủy. Do đó, cần phải có biện pháp để kiểm soát các chất thải từ đất liền và thu gom rác thải tại khu vực bãi đê, bãi bồi, rừng ngập mặn.