LVS Vu Gia - Thu Bồn, ô nhiễm tập trung tại khu vực trung lưu và hạ lưu sông Vu Gia (chảy qua khu vực nội thị tỉnh Quảng Nam và TP. Đà Nẵng), hạ lưu sông Thu Bồn (đoạn chảy qua khu vực nội thị tỉnh Quảng Nam). Nước sông chủ yếu bị ô nhiễm bởi các thông số (TSS, N-NH4+, COD và Fe). Do đặc trưng dòng chảy, LVS Vu Gia - Thu Bồn thường có giá trị TSS quan trắc qua các năm cao.
LVS Đồng Nai, ô nhiễm tập trung chủ yếu ở khu vực hạ lưu các sông (đoạn chảy qua khu vực nội thành, gần các KCN nằm trên địa bàn các tỉnh Bình Dương, Đồng Nai, TP.HCM, Long An). Trong đó, sông Sài Gòn là sông có mức độ ô nhiễm cao hơn các sông còn lại trong lưu vực do một số khu vực ở hạ nguồn đang bị ô nhiễm cục bộ bởi chất dinh dưỡng (N-NH4+, N-NO2-) và nồng độ oxy hòa tan quan trắc được khá thấp (giá trị DO < 2 mg/L).
Sông Tiền và sông Hậu, chất lượng nước sông duy trì ổn định và còn khá tốt. Thành phần ô nhiễm chủ yếu trong nước mặt trên hai tuyến sông là chất rắn lơ lửng và sắt do tác động của lượng phù sa lớn trong nước và do rửa trôi từ khu vực đất bị nhiễm phèn trong mùa mưa.
Báo cáo của Tổng cục Môi trường chỉ rõ, chất lượng nước biển ven bờ và cửa sông ven biển khu vực miền Nam giai đoạn 2016 - 2018 khá tốt không có biến động bất thường qua các năm. Nước biển bị ô nhiễm cục bộ tại một số khu vực cảng biển, khu vực bãi biển và cửa sông ven biển bởi các thông số (N-NH4+; TSS và Fe), các thông số khác nằm trong giới hạn quy định theo QCVN 10-MT:2015/BTNMT - Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về chất lượng nước biển (cột dành cho vùng bãi tắm, thể thao dưới nước).