Theo báo cáo của Ngân hàng Thế giới, hầu hết, nông dân trồng lúa đều sử dụng phân bón và thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) nhiều hơn mức được khuyến nghị. Theo tính toán, mỗi năm có khoảng 1.790 tấn hoạt chất thuốc diệt ốc sên, 210 tấn hoạt chất thuốc diệt cỏ, 1.224 tấn hoạt chất thuốc trừ sâu và 4.245 tấn hoạt chất thuốc diệt nấm được sử dụng dư thừa trong sản xuất lúa ở ĐBSCL. Chỉ riêng ở An Giang và Kiên Giang, hai tỉnh sản xuất gạo lớn nhất của ĐBSCL, nông dân trồng lúa sử dụng phân bón nhiều hơn 20 - 30% so với mức khuyến cáo. Lượng phân bón hóa học và thuốc BVTV dư thừa là một trong những nguyên nhân gây suy giảm chất lượng nước mặt trong khu vực.
Bên cạnh đó, hoạt động nuôi trồng thủy sản cũng đang là nguồn gây ô nhiễm môi trường cục bộ trên các sông vùng ĐBSCL. Toàn vùng có diện tích nuôi thủy sản nước ngọt, nước mặn trên 685.800 ha, bằng gần 60% của cả nước. Chỉ tính riêng tại An Giang, đã có 102 cơ sở nuôi trồng thuỷ sản phát sinh nước thải từ 1.000 -70.000 m3/ngày đêm (Sở TN&MT An Giang, 2017) .
Một điều hết sức quan tâm, bùn phù sa lắng đọng trong ao nuôi trồng thủy sản thải ra hàng năm trong quá trình vệ sinh và nạo vét ao nuôi là nguồn gây ô nhiễm chính; chất thải ao nuôi công nghiệp cũng là nguồn có thể gây ô nhiễm môi trường và dịch bệnh thủy sản phát sinh trong môi trường nước. Trong khi đó, hiện nay, vấn đề xử lý nguồn bùn thải, chất thải nuôi trồng thuỷ sản còn rất hạn chế chưa đáp ứng các yêu cầu quy chuẩn môi trường quy định. Thêm vào đó, nước thải từ hoạt động nuôi trồng thủy sản cũng thường không được kiểm soát, không được xử lý (hoặc chỉ thông qua quá trình lắng sơ bộ), thải trực tiếp ra môi trường, gây tác động đáng kể đến chất lượng nước mặt. Sự cố tôm, cá chết do bệnh thường xảy ra, nếu không kiểm soát tốt sẽ gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến chất lượng nước mặt.
Không chỉ có nước thải nông nghiệp, nước thải trong hoạt động chế biến nông nghiệp và thủy sản cũng đang khiến cho môi trường ĐBSCL điêu đứng. Tính đến giữa năm 2018, toàn vùng có 37 khu công nghiệp (KCN) tại 12 tỉnh, thành phố đang hoạt động. Hầu hết, các KCN, cụm công nghiệp (CCN) tập trung trên địa bàn các tỉnh vùng ĐBSCL đều nằm dọc tuyến sông Hậu và sông Tiền, hoạt động trong lĩnh vực chế biến thủy sản đông lạnh xuất khẩu. Tỷ lệ KCN có hệ thống xử lý nước thải (XLNT) tập trung trên địa bàn các tỉnh ĐBSCL là 89%, tương đương tỷ lệ trung bình cả nước (88,5%). Trong tổng số 52 CCN có 17 CCN đã có hệ thống XLNT tập trung, chiếm tỷ lệ 33%, đây là tỷ lệ khá cao so với các vùng khác (tỷ lệ trung bình toàn quốc là 16. Như vậy, vẫn còn một lượng đáng kể nước thải không qua xử lý hoặc xử lý không đạt tiêu chuẩn xả ra môi trường. Đây là một trong những nguyên nhân khiến cho tài nguyên nước bề mặt trên sông Tiền, sông Hậu và các cửa sông thông ra biển... đã có các dấu hiệu nhiễm bẩn chất hữu cơ và vi sinh. Quan trắc môi trường nước cho thấy các chỉ tiêu bị nhiễm bẩn là: BOD, COD, Coliform, H2S, NH4, Phèn sắt...
Kết quả các cuộc khảo sát mới nhất từ các cơ quan chuyên môn cho thấy, ô nhiễm môi trường trong sản xuất nông nghiệp ở ĐBSCL ngày càng nghiêm trọng hơn. Các hoạt động sản xuất thâm canh tăng vụ, trong trồng trọt và nuôi trồng thủy sản đã bộc lộ mặt trái như: Gây ô nhiễm môi trường, mất cân bằng sinh thái, sụt lún đất, suy giảm mạch nước ngầm; các nguồn chất thải trong sản xuất nông nghiệp, chăn nuôi, nuôi thủy sản và nước thải nông thôn… chưa được xử lý triệt để đang gây áp lực lớn ô nhiễm môi trường và nguy cơ lây lan dịch bệnh. Do đó, cần sớm có giải pháp ngăn chặn.
