Ngoài chất thải công nghiệp phát sinh trên địa bàn tỉnh, một số nhà máy trên địa bàn tỉnh cũng ký hợp đồng với các đơn vị ở địa phương khác đưa chất thải công nghiệp về BR-VT để xử lý, gây nguy cơ ảnh hưởng tới môi trường trên địa bàn tỉnh. Bên cạnh đó, hiện khối lượng chất thải rắn y tế trên địa bàn tỉnh khá lớn khoảng 228 tấn/ngày. Tuy chất thải rắn y tế tại các cơ sở y tế công lập đã được xử lý bằng phương pháp thiêu hủy, nhưng một số lò đốt chất thải rắn y tế tại một số bệnh viện chưa đạt yêu cầu. Đối với chất thải rắn sinh hoạt trên địa bàn tỉnh hiện nay được thu gom, chôn lấp tại khu xử lý của Công ty TNHH Kbec Vina (huyện Tân Thành), với khối lượng khoảng 700 tấn/ngày. Riêng huyện Côn Đảo khoảng 12 tấn/ngày, tại đây một phần rác thải sinh hoạt được đốt bằng lò đốt khoảng 6 tấn/ngày, phần còn lại chưa được xử lý, đến nay tồn đọng 60.000 tấn.
Theo Sở Xây dựng, việc xử lý rác thải sinh hoạt trên địa bàn tỉnh hiện nay gặp một số khó khăn như: việc chôn lấp rác thải sinh hoạt tại khu xử lý của Công ty TNHH Kbec Vina vẫn chưa bảo đảm an toàn về môi trường; một số dự án về xử lý rác thải sinh hoạt trên địa bàn tỉnh triển khai chậm dẫn đến tỉnh vẫn phải lệ thuộc vào Công ty TNHH KBEC Vina. Ngoài ra, việc chuyển sang công nghệ đốt có ưu điểm bảo vệ môi trường và tiết kiệm quỹ đất nhưng chi phí đầu tư rất lớn. Vì vậy, đến nay các công nghệ này vẫn chưa được triển khai trên địa bàn tỉnh.
Sau khi nghe báo cáo của Sở Xây dựng và ý kiến của các sở, ngành, ông Nguyễn Hồng Lĩnh, Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch HĐND tỉnh yêu cầu các cơ quan chức năng, địa phương cần phải kiểm soát chặt chẽ nguồn thải; quan tâm đến việc đầu tư công nghệ xử lý, không chỉ chất thải mà cả khí thải của những nhà máy xử lý chất thải. Riêng chất thải rắn sinh hoạt, đồng chí Bí thư yêu cầu các cơ quan, đơn vị nghiên cứu giải pháp thiết thực như thay đổi công nghệ xử lý, đẩy nhanh tiến độ các dự án tái chế chất thải... để bảo đảm môi trường. Ông Nguyễn Hồng Lĩnh cũng nhấn mạnh, tỉnh sẵn sàng bỏ ra chi phí cao để thu hút công nghệ hiện đại, tốt nhất để xử lý triệt để về môi trường chứ không chấp nhận nhà máy xử lý chất thải lại gây ô nhiễm trong dân cư. Đồng thời ủng hộ chủ trương thay đổi mô hình quản lý khu xử lý chất thải tập trung 100ha xã Tóc Tiên (huyện Tân Thành) theo mô hình KCN.